現在, 淺川愛梨他們所在的是真正的賈巴沃克島——未來機關的研究設施基地裡, 2-B班除了狛枝凪鬥之外的全員都從【新世界程式】裡甦醒了過來。
在他們集體接受治療的時候，就見班主任雪染千紗眼睛紅腫地守在一邊, 她的身邊站著一臉擔憂自責的御手洗亮太和造成他們失去記憶的罪魁禍首——【超高校級的神經學者】松田夜助。
由於剛從實驗艙裡出來，四周是嗡鳴的機械音，【新世界程式】裡的記憶和重生前的記憶混雜在一起, 淺川愛梨總有種“既然沒有發生絕望事件為什麼他們會在程式世界裡自相殘殺”的懵圈。
她努力地回憶著自己進入程式前的記憶，但僅僅能想到的只是修學旅行最後一天的晚上。她提前上樓, 前往四樓的小型電影院, 將筆記本連在了投影儀上，以便大家一上樓就可以一起觀看影片, 然後因為吃得有些撐, 在準備完一切後就跑了一趟廁所……
在廁所裡，她看見了正在梳妝打扮的音無涼子，在和她打招呼的時候卻突然失去了意識。
再睜開眼睛的時候, 就是被篡改和抹去了記憶, 強行帶入了【新世界程式】裡。
淺川愛梨是在廁所裡失去了意識，但除了淺川愛梨以外的所有人都說淺川愛梨和他們一起看了影片。她姍姍來遲後將燈關上, 坐在了狛枝凪斗的身邊。
大家是在看影片的過程中，感覺有奇怪的畫面在腦海裡閃過, 然後失去了意識。
直到雪染千紗和御手洗亮太抱歉地敘事整個事情的經過, 淺川愛梨才瞭解了他們進入【新世界程式】的真正原因。
未來機關是由希望之峰學院的畢業生們創立的一個組織。會長天願和夫和副會長宗方京助在賈巴沃克群島上建立了多個研究設施，啟動【新世界計劃】是由於一部分參與暴動的預備學科的學生出現了嚴重的心理問題，所以在那次事件後, 未來機關開始研究開發【新世界程式】，用於幫助陷入絕望的學生們和絕望殘黨們重獲希望。
除此之外，就正如淺川愛梨在搜查中找到的未來機關的郵件——為了洗腦神座出流和江之島盾子，讓他們成為未來機關寶貴的戰力。但這個【新世界程式】卻反過來被他們利用，被江之島盾子植入黑白熊病毒後，篡改為了【絕望再生程式】。
而那天，所有人在觀看影片後會集體失去意識，是因為【超高校級的動畫師】御手洗亮太製作的影片能干涉到觀看者的大腦。
透過色彩的變化刺激視覺中樞，透過誘導眼球的動向進行體驗記憶的認知操作，透過聲音來控制集中力，他所擁有的才能完全可以被稱為洗腦技術的東西。
所以，江之島盾子自第一眼遇到御手洗亮太后，就對他的動畫師才能非常感興趣。之前綁架失敗過了一次，而這次，她直接在他們製作的影片裡動了手腳。
沒有把御手洗亮太也帶進【新世界程式】，是因為江之島盾子的計劃中需要他將他們自相殘殺的畫面製作成洗腦影片，用於向整個世界傳播絕望。
而他們那晚看見的淺川愛梨是由才囚學院的白銀紬cos扮演，她因為非常崇拜江之島盾子而加入江之島盾子為領袖的絕望集團。
雖然不是希望之峰學園的學生，卻有著【超高校級的COSPLAYER】的才能，擁有一秒換裝並能將任何虛擬人物完全再現的能力，即變裝和變聲，但因為COS的是現實世界中的人物，所以白銀紬在假扮淺川愛梨的時候，全身面板過敏性發著紅斑，被狛枝凪鬥當場戳穿。
而將他們帶進賈巴沃克島的正是她假扮的雪染千紗。
雪染千紗是未來機關第五支部支部長，有權啟動【新世界程式】。與此同時，賈巴沃克島也被絕望殘黨們成功佔領。
淺川愛梨搜查時找到的那些關於【希望之峰學園史上最大最惡的絕望事件】和【人類史上最大最惡的絕望事件】的漫畫書，其實是江之島盾子用【超高校級的分析師】才能預測出來的未來。
這位【超高校級的絕望】預想中的【希望之峰學園史上最大最惡的絕望事件】會引發了外界的一系列暴力事件，從而爆發【人類史上最大最惡的絕望事件】，這就是【希望之峰學園史上最大最惡事件】對於江之島盾子而言的意義。
但是，預備學科的暴動在淺川愛梨他們的干預下以失敗告終，對初次享受到失敗的絕望的江之島盾子自身而言，這並不是終點，應該說她也預料到了失敗的可能性，而開始準備策劃起全新的【絕望】——利用的就是他的青梅竹馬【超高校級的神經學者】松田夜助。
由於不知道江之島盾子和松田夜助是青梅竹馬的關係，學園理事會委託松田夜助對江之島盾子和戰刃骸進行心理治療。其實是想從她們嘴裡問出其他絕望殘黨的下落，解明整件事的真相，而掩蓋這起事件。
而被困在監獄裡的江之島盾子，其實早就想出了一個越獄的方法，應該說，她早就預料到了松田夜助會來治療她們，也知道他會想辦法來救自己。
在絕望殘黨的幫助和松田夜助的踩點下，江之島盾子越獄成功。
第一個發現監獄裡並不是江之島盾子本人的是逆藏十三，當他要告訴宗方京助的時候，就發現江之島盾子放了一份威脅信，正是自己喜歡宗方京助的把柄。
逆藏十三為了掩藏此事，被迫受到江之島盾子的威脅，對她已經偷樑換柱越獄的事實睜一隻眼閉一隻眼。
為了讓江之島盾子逃過學園的追查，松田夜助對外宣稱的失憶醫治，其真實目的是為了持續使她失憶，並讓江之島盾子化名為音無涼子。
松田夜助沒想到的是，偽裝成江之島盾子的戰刃骸出現在修學旅行裡，一直不停地給音無涼子暗示自己不是江之島盾子。
實際上這也是依照著江之島盾子所編造的劇本來行動，為的就是喚醒江之島盾子的記憶。
無論是江之島盾子的失憶，還是戰刃骸的變裝，都是今後的“更加絕望的計劃”的重要要素之一。
記憶制御的實驗。
戰刃變裝的實驗。
將他們帶進【新世界程式】裡進行互相殘殺也是，是為了製作影像以讓絕望進行蔓延——都只是實驗而已。
一切，都是兼具了實踐和實驗的一箭雙鵰。
因為希望之峰學園的學生們被公認是“希望的象徵”，透過播放他們為了“保全性命”的希望，絕望地展現互相殘殺的姿態，將觀看到這個影片的人們一起打入絕望的深淵，就是江之島盾子的目的。
於是，恢復記憶的江之島盾子，為了讓這群“希望的象徵”成為【超高校級的絕望】，為了讓他們日後在各自的領域散播絕望，對一般市民進行洗腦，更重要的是為了引誘未來機關掉入自己精心佈下的陷阱內，將他們一起帶到了賈巴沃克島，將病毒黑白熊植入了【新世界程式】。
並在公園的倒計時之內，將這個程式篡改為了【絕望再生程式】。
一切都是為了【人類史上最大最惡劣的絕望事件】的開幕。
由於白銀紬的偽裝，希望之峰學園並不知道修學旅行發生的事情。
直到五日後，一名晨跑老人在野灌叢裡發現了一具男性的屍體，正是不遠處別墅區的保安。
經法醫診斷，被害者死亡時間是在五日前的晚上九點到十二點之間。介於死者是位中年男性，要殺害一個身強力壯的男性，且死者頸部有兩條明顯的不同方向的索溝，一道不太明顯，呈水平狀環繞頸部；另一道較明顯，在兩耳後上升而消失，從而判斷為勒死後偽裝自縊而懸屍。於是兇手是男性的可能性較高。
然而兇手卻是【超高校級的軍人】——戰刃骸。
這具屍體正是音無涼子親眼目睹被繩子無情地吊在樹上，隨後消失不見的那名中年男子。
警方在尋找目擊證人時發現原本應該結束的希望之峰學園的修學旅行，但學生們並沒有回家，而是被班主任告知修學旅行仍需要進行半個月之久。