戰爭很快就結束了，在之後的商談當中，雙方在談判桌上商定好了最後的內容，神農和極樂之箱由木葉封印，並交由妙木山儲存，空中要塞歸屬於木葉，而木葉則會支援大蛇丸和魍魎在瀧之國建國。
結果出來之後，瞬間就在忍界引起了軒然大波，因為一腔熱血而來支援的各個忍村幾乎都對木葉表達出了自己的憤怒，以撫子村為的忍村直接就離開了火之國的領土，因為在他們看來，木葉不過是為了利益才和大蛇丸他們這些罪人達成的協議，正義已經被染黑了，他們的鮮血遭到了背叛。
而也就是在這個時候，大蛇丸一方又在背後刺了自來也一刀，他們在木葉做出解釋之前，率先的為自來也做出瞭解釋，並且隱約的提出了極樂之箱已經被封印，並且交給了木葉的決定。
髒水已經潑到了木葉的身上，因為協議，木葉一方又不能將大蛇丸的威脅說出來，這件事最終雖然讓木葉度過了這次的難關，並且還得到了一些戰利品，但是結果卻讓木葉一方的聲望被打擊的十分慘重，關於得失這方面，還真的是不太好分辨。
瀧之國被大蛇丸佔領了，瀧隱村的殘餘們徹底的失去了自己的家園，然後也突然在某一天默默的離開了火之國。
在接下來的時間裡，忍界便陷入到了平靜當，大蛇丸盤踞在瀧之國招收了很多叛忍和罪徒，轟雷在波之國逐步的建設著屬於自己的王國，曉組織也開始在忍界當中露出了頭角，各大忍村也紛紛的舔舐自己的傷口，同時默默的等待著時機的到來。
…………
時間就這麼的過去了數年，一直來到了木葉六十年，也就是鳴人從忍者學校當中畢業的那一年。
因為波之國已經被轟雷經營成了現在忍界最繁華的城市，所以自然也就沒有了卡卡西和再不斬一戰的機會，轟雷也沒有特意的去關注過鳴人的經歷，所以也不知道代替這段經歷的究竟是什麼。
不過很快的，阿瓦隆就接到了來自木葉的邀請，木葉將要舉辦聯合中忍考試，想要邀請阿瓦隆一同參加，畢竟阿瓦隆和木葉的關係非常的緊密，而且位置也非常的接近。
沒有多想什麼，轟雷便接受了木葉的邀請，同時帶著現在依然還是下忍的雛田和香磷登上了前往木葉的列車……
這次的中忍考試大蛇丸還會不會出手轟雷已經完全不知道了。
第一場考試的過程並沒有什麼值得意外的，在經過了一些‘威脅’之後，依然還留下的考生全部都透過了第一場考試。
而在第二場考試的時候，轟雷囑咐雛田和香磷在死亡森林當中找機會解決掉了一直潛伏在木葉當中的藥師兜，並且為了防止穢土轉生將其徹底的毀屍滅跡。
藥師兜在未來是可以左右忍界的幕後黑手之一，這件事還是儘快的解決掉比較好。
在後面，劇情並沒有偏出太多，四代風影還是被大蛇丸殺死了，木葉崩潰計劃依舊展開，不過與之不同的是，這次擊敗我愛羅的，是雛田和香磷。
在分裂犬的牽制之下，香磷使用了大型封印術限制了一尾的行動，而後雛田透過白眼準確的找到了藏在一尾體內的我愛羅，並且將其俘獲。
不過雖然抓到了我愛羅，但是波之國現在還是不適合擁有尾獸，所以轟雷又將我愛羅交給了木葉。
而這件事的影響最大的一點，或許就是失去了和鳴人的羈絆，我愛羅依舊還是那麼的瘋狂。
之後砂隱村付出了一些代價帶回了我愛羅，並且讓其繼任成為了五代風影。
木葉在這次的打擊當中遭受到了不小的損失，曉組織也在之後的時間裡逐漸的展開了自己的計劃。
忍界的局勢已經變得大為不同了，轟雷為了給自己爭取到足夠的展時間，在制定了極為精密的計劃之後，在某一次的行動當中殺死了巖隱村的五尾人柱力，因此，被封印在人柱力體內的尾獸也一同死去，至少要等待三年的時間才能夠重新復活，曉組織的尾獸捕捉計劃，也不得不停滯了下來。
而轟雷則利用了這三年的寶貴時間，逐步的執行著自身的計劃，雛田和香磷兩人一直在與轟雷一同修煉，她們的實力增長度非常的快，在各種能力的加持之下，甚至已經達到了次影的級別。
而也就是在三年之中的最後時刻，來自阿瓦隆的情報顯示，他們終於找到了那個可以通往月球的通道。
在得到了訊息之後，轟雷做好了十足的準備，帶齊了所有能夠抽出手的戰力，一起透過空間隧道來到了月球當中，而後在舍人沒有及時的做出反應之時，便一舉奪取了他的白眼。
此時的舍人並沒有得到花火的白眼進化到轉生眼，所以戰鬥過程並沒有生什麼意外，舍人很快就被制服，轟雷得到了他的那一對由所有族人融合而來的白眼。
隨後，轟雷將這一對白眼與雛田的白眼相互融合，純度極高的兩對白眼相互吸引，幾乎瞬間就讓雛田將白眼進化到了最後的階段，也就是轉生眼。
至此，在轟雷的手上，終於是有了一張可以在最終戰當中打出來的底牌了。
在奪取了月球基地之後，轟雷也沒有放棄這裡，而是將其當作了自己的秘密基地，轟雷一邊在這裡與雛田一同練習轉生眼的使用，一邊讓研究員將月球基地的傳送陣轉移到了波之國當中。
然後再過去了數個月之後，在雛田已經能夠熟練的使用轉生眼的力量之時，轟雷又再次帶著人，瞅準了時機乘坐空中飛艇從天空當中直接突襲了曉組織的大本營，雨隱村，並且在轉生眼的透視當中，直接找到了長門那無法行動的本體。
巨大的光柱直接就貫穿了雨隱村的地表，打通了一條直達長門位置的通道，轟雷與雛田便隨著光一同將領，在長門將六道的力量全部都召集回來之前，就利用在他身邊的小南制住了他的行動。
輪迴眼的力量不容小覷，雛田與其對抗的十分吃力，但是因為長門的體質虛弱，又將力量分到了六道當中，轟雷又瞅準了六道不在他身邊的時機，現在的長門無法將分出去的力量及時收回，現在的長門可以說是非常的虛弱，當然，這是在面對轉生眼的時候。
雛田制住了長門，轟雷放開了用來牽制長門注意力的小南，同時無視了小南的攻擊直衝長門的身邊，在付出了半條手臂的代價之後，便奪取到了長門身上的那一對輪迴眼。
轉生眼與輪迴眼，至此，轟雷得到了他最後的一部分力量，忍界當中已經沒有能夠威脅到他的存在了。
之後，這對輪迴眼被轟雷交給了香磷，擁有漩渦體質並且移植了初代細胞的她，完美的契合了這對消耗極大的輪迴眼。
而後，因為轟雷已經得到了開啟輪迴眼的兩個最重要的東西，初代火影阿修羅轉世的細胞，和宇智波佐助因陀羅轉世的細胞，所以便在轉生眼和輪迴眼的幫助之下，同樣的也將自己的寫輪眼進化為了輪迴眼。