淳祐元年（1241年），宋慈奉命知常州軍州事。在常州任上連任五年後，他五十九歲了，按古代的演算法，這年便是六十歲。
不知這五年朝廷為什麼沒讓再他任提刑。然而，宋慈任法官令許多貪官感到威脅，這是從劉克莊的記述中可以知道的。朝中複雜的政治因素對此有什麼影響，歷史沒有為我們留下記載。各地有很多冤案，這是宋慈所深知的，同時也知道，為天下生民洗雪冤屈，憑自己既做不了多少，也做不了多久了，便發憤著書。他撰寫的《洗冤集錄序》，是我們可以窺見他思想的可靠文字。
他在《洗冤集錄序》開篇就寫道：“獄事莫重於大辟，大辟莫重於初情，初情莫重於檢驗。”意為獄事中最重大的莫過於定殺頭之罪，定此大罪的依據最重要的莫過於弄清第一手案情，而要弄清第一手案情最重要的莫過於檢驗。
接著寫，這樣關乎生死、關乎有罪與無辜的大事，委派什麼人去辦案，是需要謹慎之至的。可是多年以來州縣派去調查最初案情的官員缺乏經驗，加上“仵作之欺偽，吏胥之奸巧”，其中隱藏的虛幻變化就很難明察，即使是聰明的官員也很難不被欺矇。更何況臨場勘查檢驗的官員，高座遠離，對屍首掩鼻而不屑一顧者眾多，這怎麼能弄清真實的案情呢！這序言講述了造成冤案的諸種原因，不僅指出負責檢驗的官員缺乏專業知識，而且不負責任，更有隱藏其中的賄賂欺偽，可見需要一部指導並規範勘查檢驗工作的著作，已是多麼迫切。
淳祐七年（1247年），宋慈六十一歲，再次被任命為提刑，赴湖南就職，同時兼任湖南安撫大使行府參議官，協助安撫大使處理軍政要務。他所著的《洗冤集錄》就於這一年刻印出版於湖南憲治。由此推想，他開始撰寫這部著作大約是在江蘇常州任上。
古人寫兵書稱《孫子兵法》，寫醫書稱《醫宗金鑑》，宋慈寫指導勘查檢驗的著作，也可以叫《檢驗集錄》或《檢驗要覽》的，為什麼稱之《洗冤集錄》？
何謂“冤案”？被政府司法機構錯定的案才叫冤案。一個政府高官，直言其著作是為洗雪冤獄而作。什麼意思？你不是直言當今冤獄很多嗎？單此書名，在我們今天聽來也是振聾發聵的。
他毫不避諱地把“洗冤”用作書名猶感不足，還寫下《檢覆總說》，共十九條，置於全書論述的勘檢知識之前，講檢驗官員應遵循的原則和應戒除的劣習。
第一條就寫：凡驗官多是差廳子、虞候或親隨等公務人員，前去“打路排保，打草踏路，先馳看屍之類，皆是騷擾鄉眾，此害最深，切須戒忌”。他把這些“騷擾鄉眾”的壞作風，排在需要戒除的首要位置。一顆為民之心躍然紙上。
在寫出“若有大段疑難，須更廣佈耳目以合之”之後，還寫下“雖廣佈耳目，不可任一人”，強調即使是官府派出去的耳目，也不能只聽信一人。“須是多方體訪，務令參會歸一”。他還指出，不能憑“三兩紙供狀”定案塞責。“況其中不識字者多出吏人代書，其鄰證內或又與凶身是親故，及暗受買囑……不可不察”。
反思一下我國當代司法仍存的“有罪認定”和憑“三兩紙供狀”定案所造成的冤案錯案，再聽聽宋慈七百多年前的聲音，這聲音豈止是法醫學術上的專精！這聲音浸潤著對生命的關懷，對弱小平民的關懷，至今讀來仍具振頹風而勵後人的光芒。
宋人曾有“憂國者不顧其身，愛民者不罔其上”之句，講的是為國擔憂的人不顧忌個人安危，愛護百姓的人不欺矇皇上。宋慈篤意要用《洗冤集錄》做書名而不顧忌會不會觸怒皇上，就坦呈出他上報社稷、下安黎民的赤子之心。也昭示著，一個法官，更重要的是要有為民“洗冤”的精神品格，而不是技術。精神高於技術！
從前歐陽修在《準詔言事上書》中曾寫道：“賞及無功則恩不足勸，罰失有罪則威無所懼。”說獎賞無功之人，恩澤再厚也不能起到激勵眾人的作用；罰無罪之人，再有威嚴也不能起到禁惡的作用。歐陽修還講“賞不足勸善，刑不足禁非，而政不成”；這是說賞罰如果不能起到作用，國家的政治就危險了。司法機構判錯的案，就是處罰無罪之人，如果不為之洗冤，就不只是冤害無辜者，更會危害國家大政。洗冤是保衛國家大政的最大善政。這該是宋慈義無反顧地要用“洗冤集錄”為書名的內在原因。
特別難得的還在於，這部直言“洗冤”的著作，在一二四七年出版不久就被宋理宗皇帝欽頒天下，成為全國審案官員案頭必備之書。這件事是不能遺忘的。假如沒有當年這樣的推廣，《洗冤集錄》能否傳到今天？我不知道。
《洗冤集錄》奉旨欽頒天下，必有再版。今天所見的《洗冤集錄》書前備有一篇《條令》，所輯包括北宋、南宋朝廷頒佈的有關司法檢驗的法令，共二十九則。不知這《條令》是《洗冤集錄》初版就有的，還是欽頒天下時所加。所輯《條令》第一則曰：“諸屍應驗而不驗，或受差過兩時不發，或不親臨視，或不定要害致死之因，或定而不當，各以違論。”可見宋代對於案發之驗屍是有詳細的檢驗制度，有法不依，也是導致冤案的一大重要原因。這些考慮和舉措，均超出技術的範疇。
宋慈一生勤奮至此，身體狀況不佳，是可以休息的了。但淳祐八年（1248年），六十二歲的宋慈進直寶漠閣，奉使四路，勘問刑獄，仍馳奔各地躬親檢驗。這已不是因他喜歡如此，而是各路諸多陳年疑案，眾官難辨真偽，這迫使他不得不親臨指導。
歷史為他“奉使四路皆司臬事”留下了這樣的記載：“撫良善甚恩，臨豪猾甚威。部屬官吏，以至窮閭委巷、深山幽谷之民，鹹若有一宋提刑之臨其前。”一二八四年，宋慈已臨近生命最後的歲月。上述記載他風塵僕僕所到之處，貪官豪猾聞風喪膽，而正直的官吏乃至山溝裡的百姓，心中卻有個親切的宋提刑彷彿就在眼前。
這位大法官的晚年，南宋國勢危如卵，在已經很難挽救危亡的日月，他仍傾全力試圖拯危起衰。誠可謂“一身如可贖，萬死又何辭”。淳祐九年（1249年），宋慈六十三歲任廣東經略安撫使，為廣東最高行政長官。這年春，廣東學宮舉行釋菜（開學）典禮，依慣例由當地長官主持，宋慈有頭眩之疾，部下建議他委派其他官員代理，宋慈仍堅持前往。後身體日下，於三月初七病逝。
宋慈去世後，宋理宗皇帝贊其為“中外分憂之臣”，“特贈朝議大夫，御書墓門以旌之”。一二五○年，宋慈靈柩移送回故鄉福建建陽，於七月十五日歸葬。十年後，官至工部尚書、龍圖閣學士的劉克莊撰寫了《宋經略墓誌銘》，稱宋慈為官“祿萬石，位方伯”，卻“家無釵澤，廄無駔駿”，這是對他為官清廉一生的寫照。
宋慈一生不只是任法官，最高職務也不是提刑。但他在司法勘查檢驗知識方面的大建樹，是在法官任上做出的。一個高階法官如此的一生，在十三世紀的西方各國都覓無可尋。宋慈不僅是人類的法醫學之父，其公正清明也堪稱人類法官之楷模。