早在萊特戰役剛剛展開的時候，山下就對在戰役中取勝不抱多大希望。他把萊特方面的作戰當作純粹執行上級命令，交給參謀長武藤章中將具體操作，與此同時，暗中命令參謀副長西村敏雄少將：“萊特島最終難保，從現在起，必須考慮在呂宋島戰鬥到底！”
山下是一個老奸巨猾的人，如此安排有其深刻用意。西村和武藤的私人關係不睦，讓西村準備呂宋作戰，一方面既可以防止秘密外洩，另一方面為了與武藤競爭，西村也必然會使上吃奶的力氣，不用他再去多督促、多提醒。
山下當時就選定了戰場，他告訴西村：“要以北部的碧瑤市為中心，構築陣地，運進彈藥。”
山下認為，馬尼拉市區的大部分房屋都是木質結構，容易燃燒，地下水又淺，無法構築地下坑道和地下陣地。因此，不能在馬尼拉市進行防禦作戰，而應退至呂宋島北部山區進行持久防禦。
從1944年12月17日起，山下即宣佈馬尼拉市不設防，同時開始轉移市內外的物資和人員，然而轉移過程並不順利。
此時南方軍和大本營都已改變方針，不再阻撓山下的決定，影響轉移的困難和阻力主要來自第14軍內部。