接下來，秦王府諸將領準備將李建成和李元吉的一百多名親信全部誅殺，並將他們的家產沒收官府。
可是，萬萬沒想到，尉遲恭攔住了他們。
尉遲恭再三爭辯說：“罪孽都是兩個元兇所犯，而他們已經伏誅了，倘若還要牽連他們的黨羽，就不是謀求安定的做法了！”
於是諸將領停止了追殺。
最後，李淵頒佈詔書赦天下，叛逆的罪名只加給李建成和李元吉二人，對其餘的黨羽，一概不加追究。
朝堂之上的各項事務，都任憑秦王處置
而逃走的馮立和謝叔方看到李淵的詔書，都自動出來負荊請罪。
薛萬徹躲起來以後，李世民多次派人去鍾南山找他，告訴他不會降罪於他。於是他也出來了。李世民感慨地說：“這些人都能夠忠於自己所侍奉的人，是義士啊”！便赦免了他們。
兩天後……
太極宮
文武百官束手而立。李淵面南背北端坐龍椅之上。
一側，小太監雙手端著聖旨正在宣讀。
奉天承運，皇帝詔，曰:自朕登基以來，凡軍國重務，用人行政大端，未至卷勤，不敢自逸。緒應鴻續，夙夜兢兢，仰為祖宗謨烈昭缶，付託至重，端在元良。
秦王世民文治武功，心懷蒼生。天意所屬，茲恪遵初詔，載稽典禮，俯順輿情，謹告天地，宗廟，社稷，授以冊寶，立為皇太子，正位東宮，以重萬年之統，以繁四海之心。
朕疾患固久，思一日萬機不可久曠，茲命皇太子持璽升太極殿，分理庶政，扶軍監國。百司所奏之事，皆由皇太子決之。
佈告天下，鹹使聞之。
一封冊封聖旨洋洋灑灑一大篇。
文武百官此刻心境各有不同。
隨著宣讀結束，李淵又拿出一封冊封詔書。
任命宇文士及為太子詹事，長孫無忌與杜如晦為左庶子。
高士廉與房玄齡為右庶子。
尉遲恭為左衛率，程知節為右衛率。
秦王府舊臣虞世南為中舍人，褚亮為舍人，姚思廉為太子冼馬。
論及功勞，以長孫無忌和尉遲恭為第一，分別賜絹一萬匹。
李淵還特別嘉獎尉遲恭，慰勞他說：“愛卿對於國家來說有安定社稷的功勞。”並把齊王國司的金銀布帛器物全部賞賜給了尉遲恭。
這一刻秦王府榮耀一時無兩。
隨著李世民入主東宮處理政事，李淵就開始明目張膽的擺爛了。
天天在臨湖殿和自己的妃嬪胡天胡地。
這一天，李世民派人將魏徵傳入宮中。太子府一眾官員也都在。
李世民對魏徵問道：“聽說之前，你一直勸說建成太子誅殺於我，你為什麼挑撥我們兄弟的關係呢?”
長孫無忌一眾人為魏徵擔驚受怕，魏徵卻舉止如常地回答道：“如果已故的太子早些聽從我的進言，肯定不會有今天的禍事。”