有母體世界的模型，還有母體世界的演算法，陳長生很輕鬆的就在這個空白的世界裡新增了一個母體世界無異的都市模板。
只是這個虛擬世界沒有真正的人類，少了擁有自己想法的人，就少了很多的生氣，比起母體世界，這裡雖然與母體世界一樣，但更容易被察覺出來是虛擬的世界……
在陳長生熟悉著這裡的執行規律的時候，現實世界也是有了大變化。架構師說的一點都沒錯，當陳長生踏入源頭的第一時間，機械帝國就展開了對錫安的攻擊。
在母體世界時，墨菲斯前往參加的錫安會議就是為了商議這件事情。不過因為陳長生當時與流亡程式一塊脫離了母體世界，導致創世紀號上的人根本就聯絡不到陳長生。
要不是現實中陳長生維生裝置上依舊顯示著生命狀態正常，估計墨菲斯都以為陳長生死了。
這種艦長不在的情況之下，墨菲斯作為副艦長自然是當仁不讓的承擔起了艦長的職責。
不過此時陳長生的意識仍舊連結在虛擬世界之中，貿然切斷連結只能會導致陳長生的死亡。作為救世主的陳長生，又怎麼能夠死亡呢，因此因此墨菲斯也只能是呆在能連結機械帝國網路的地方遊弋。
這就相當於違背來自於錫安的命令了，畢竟錫安傳來的命令可是所有懸浮船回到錫安聽候命令來著。
現實世界中的創世紀號上的墨菲斯接收到了一則求救訊息，來自於錫安的其他懸浮船。
求救訊號就是來自地面之上，對此墨菲斯自然是要前去救援一番。陳長生的創世紀號製造出來之後，由於體型巨大就一直待在地面上進行遊擊戰。強大的火力對付起零散遊蕩在大6上的機器人簡直不要太輕鬆。
而長時間沒有遭遇到機械大軍的圍攻，也讓墨菲斯的膽子大了不少，因此在接收到求救訊號的第一時間，墨菲斯就準備前去救援。
在墨菲斯親自駕駛戰鬥懸浮船前往救援的時候，意識上傳室裡就剩下尼歐和坦克兩個人了，這兩個還都是還陳長生的傀儡。
躺在意識上傳座椅上，“尼歐”的身體突然開始分裂，然後不多時一具陳長生的身軀出現在意識上傳室之中。
憑空又多出了自己的一具軀體，陳長生並未感受到什麼不適，而虛擬世界之中的那具身軀因為現實中的身體生命體徵依舊存在，也並沒有消失。
好了，陳長生又現了卡bug的手段了……虛擬世界的“尼歐”暫時無法離開，陳長生還需要他儲存著來自於架構師的圓珠筆。
至於陳長生的本體，此時正是想要脫離創世紀號回到蟲巢，去生成一個菌主儲存陣列，探索自己的道路。
透過梅洛文這些流亡程式二五仔口中，陳長生得知了機器在現實之中都是透過無線網連線系統的，所以陳長生就想要藉助自己的電磁掌控能力，來嘗試著生成聯網器官，從而獲得自由進入系統的能力。
至於說如何掩飾自己的身影不被系統現，陳長生已經是在小世界中開始向梅洛文等人請教了。
攻擊錫安的二十五萬機械章魚，陳長生是不打算參與。二十五萬對二十五萬，很公平不是嗎。
創世紀號在游擊戰上取得的巨大成果也已經是早就傳到了錫安城中，因此游擊戰理論也正盛行在錫安的倖存人類之間。
以至於錫安城內的領導層也早早的就組建了錫安遊擊軍，進行敵後騷擾，物資收集工作。雖然也會損失了一些懸浮船，但很明顯得到的東西更多，這樣就值得繼續嘗試了。
面對機械帝國25萬機械章魚的威脅，錫安城的那些內鬥王者們終於是察覺到了致命的威脅，正式展開全面的合作。但即便這樣，面對與人類同等數量的機械章魚，很明顯人類根本毫無勝算，因此逃亡派又開始組織起逃亡計劃了。
不過準備逃亡歸準備逃亡，該做的抵抗還是要做的，得益於最近在6地上拾荒得來的巨大收穫，錫安倒是有建造足夠懸浮船的同時，還部署防禦計劃能力了。總而言之這是錫安最危險的時候，也是錫安最強大的時候。
有可靠的訊息，機械章魚大軍正在從地面向著錫安地下城挖掘，因此現在倖存者們就面對了最尷尬的情況，是跑還是留……
機械與人類之間的戰鬥終究不會這麼簡單就結束的，如果結束了還玩個什麼？最終是錫安城覆滅了，不過人類還存在著。
不僅僅指的是錫安乘坐這懸浮船逃亡的人，還指躺在營養艙中的人類。
陳長生到蟲巢之後就開始了自己的菌主儲存矩陣的構建，生物構造可比機械構造簡單太多了。機械想要建造一個儲存矩陣，最起碼需要一整條完整的產業鏈，但蟲巢製造菌主只需要足夠的能量。
科學不就是在相互模仿嗎？母體世界能做的那麼完美，陳長生直接抄襲就是了。
對陳長生而言最大難度還是在於系統這個東西，機械帝國的系統不知道是智慧程式最佳化了多久才搞出來的，陳長生想要憑藉一己之力完成一天同樣強大生物計算機的系統無異於痴人說夢。
不過好在也不是沒有擇中的辦法，陳長生最終是拼組出來一個半機械半生物的新型蟲巢，這將是充當伺服器，模擬執行系統的最好載體。
生物計算機效能想到優越，執行機械帝國的系統起來也很順利，畢竟無論是菌主儲存器，還是生物計算機都是參照現實中的二進位制計算機進行生產製作的，兩者總是有著不少的相似之處，因此一次實驗成功也就不是不能理解。
這次成功是偉大的，相當於陳長生直接是擁有了自己獨自一人構建虛擬世界的能力了，還是擁有自己能夠完全掌控硬體的那種虛擬世界，在蟲巢之中陳長生也有了直接從物理層面掐斷網路的能力了。
透過蟲巢的無線網器官，陳長生直接是將自己的蟲巢計算機併入到了機械帝國的網路之中。