在毀滅之谷的小智一行人，被賣土特產的重盛老人攔下，買了特產毀滅之谷仙貝，重盛老人熱情的為眾人講解起了毀滅之谷的源。
原來這裡有股強大邪惡力量——巨大念力土偶，四處破壞周圍，後來一位白色的賢者出現召喚出一個巨大的岩石精靈球將其封印在了山頂的湖泊中。
隨後，老人便帶著小智等人參觀了湖泊上的巨大岩石精靈球，由於最近火箭隊好像被天王皮卡丘的實力嚇到了，也就沒有出現搗破壞，小智等人參觀完後便順利的離開了。
小智等人又認識到了莎由莉與她的搭檔大嘴娃，而大嘴娃喜歡上了小剛那呆呆的蓮帽小童，但蓮帽小童不小心使用了莎由莉的水之石進化成了樂天派的樂天河童，大嘴娃瞬間把它甩了，喜歡上了呆呆的可達鴨。
失戀的樂天河童與小剛一起跳起了舞。
而小智則在城鎮上，將蜥蜴王與比雕傳送回去，將頓甲與雷電獸傳送回來，並給它們服下神奇糖果達到了道館初期。
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見證到了移情別戀的大嘴娃後，小智等人又又又一次迷路了，來到了一處充滿大坑的荒地。
“這裡到底是什麼地方啊？僅僅只是一座島嶼我們不會又迷路了吧！”小智無語道。
“皮卡～”“布伊～”皮卡丘與伊布也無奈的搖了搖頭。
小勝操作著領航員，嘆氣道：“根本找到這裡的位置耶。”
“這裡在伊札貝的細部地圖上也完全沒有記載。”小剛也拿著旅遊書不斷翻找無奈道，“如果不從這裡穿過我們只能原路返回，再重新繞路出了！”
“什麼？！原路返回，繞路出！”小遙當即不幹了，好不容易才走到這又要返回又要繞路的怎麼可能！
“要不，我們找找附近有沒有人，打聽一下路。”小智提議道。
隨後，提議得到了眾人的認可，畢竟誰也不想原路返回，眾人接著又打量起了地上的深坑。
“這是什麼洞啊？”小勝疑惑的問道。
小剛搖了搖頭表示不曉得。
小智則感受到了下方的神奇寶貝波導，於是將一塊神奇寶貝食物扔下，在深坑中，突然從地下鑽出一個大腦袋猛然張開嘴巴將神奇寶貝食物吃下。
小剛三人頓時大吃一驚，小遙更是拿出圖鑑一掃：
大顎蟻
而小智的眼神已經變亮了，大顎蟻正是沙漠蜻蜓的最初形態，這可是純正的龍系神奇寶貝啊！
大顎蟻吃完神奇寶貝食物後，立馬遁入地底，只是小智看上它怎麼可能讓跑了！
“皮卡丘，伊布，走！讓我們去收服它！”說完小智便帶著伊布與皮卡丘跳進了深坑，頓時將他們淹沒！
“小智！”眾人驚呼一聲，剛想跳下去，去追小智，卻一聲不之音打斷！
嘀呦～嘀呦～一個車頂有著警燈的越野車來到了眾人這邊，下來了一位身穿越野服顯得十分乾淨利落的小姐姐從車上下來。
“你們幾個，快點離開那個深坑，那裡可是很危險的！而且這裡是禁止進入的危險區域！”小姐姐呵斥道。
聽到這裡是危險區域，小剛三人當場急壞了，要知道小智可是跳下去了！小剛都沒心情去搭訕小姐姐足以看出他心中的著急，小遙更是想跳下去找小智，還好被小剛眼疾手快的抓住小遙。
小勝連忙將他們同伴跳下去的事情告訴了小姐姐，小姐姐震驚不已，連忙帶著小剛三人找自己的青梅竹馬尋求幫助！
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另一邊小智跳下深坑，來到了一個巨大通道，在小智的波導感受下，現這裡無數通道相連可以說是一個地下迷宮！
隨後，小智的波導之力現了那隻大顎蟻的位置，“在這邊！”小智招呼皮卡丘與伊布來到他的肩上，向其中一個通道追去。
就這樣小智一路追著大顎蟻來到了，一處湖泊前，而眼前的美景著實震驚到了小智，“好美啊！”小智詞彙中跟本找不到可以形容這裡美景的詞語。
“皮卡～”“布伊～”皮卡丘與伊布也震驚的點了點頭。
只見那清澈如鏡面般的湖泊在陽光的照射之下閃爍著亮晶晶的光芒！
在頭頂上還有一個巨大的天然裂口，無數的陽光從裂口中散落在湖泊之上，兩者相互依襯，可以說在整個神奇寶貝世界上這樣的美景屈指可數啊！
“皮卡皮～”皮卡丘指著一個方向聲道。
小智順著方向看去，一隻大顎蟻正向一湖泊另一側走去。
“站住！大顎蟻！”小智上前攔住了大顎蟻，拿出一枚精靈球，“我要收服你！”
大顎蟻竟然真的停下，充滿戰意的看著小智。
小智點了點頭，這充滿戰意的小眼神很適合自己，“就決定是你了，美納斯！”