小智一行人在前往淺紅市途中，意外到達了忍者學院。
而小剛在這裡喜提了一隻年幼的愛哭樹，尤其是愛哭樹還是岩石屬性，身為岩石館主的他終於收服了一隻岩石系神奇寶貝，小剛對它可是疼愛的緊！
從忍者學院離開，小智一行人抵達了淺紅市郊外的小城鎮！
只是這座小城鎮顯得有些荒涼，人並不是很多，好在這裡還有著神奇寶貝中心的存在。
在這裡小剛為愛哭樹準備的奶被小卡比獸喝光了，愛哭樹當即委屈的嚎啕大哭，小剛只好重新為其準備，而小勝則帶著小卡比獸去神奇寶貝中心的食堂吃飯去了。
只剩下了小智與小遙留在了原地，小遙從孵化手環中拿出了她的精靈蛋，因為手環顯示精靈蛋即將孵化了。
小遙小心撫摸著精靈蛋，期待道，“究竟會孵化出什麼神奇寶貝呢？”
小智微笑的看著這一幕，又看向外面陰沉的天氣，“這天氣正好適合電擊怪做特訓，小遙你就在這等著吧！”
說完，小智便跑出神奇寶貝中心，來到森林中，讓皮卡丘幫電擊怪做電擊特訓，電擊怪等級已經很高了，所以小智打算好好訓練它，爭取早點突破進化！
可是沒想到的是，小智離開時，傑尼龜竟然也跟著跑了，只是在門口處拐彎處，跑向了另一個方向。
小遙見狀連忙跟了上去，一路追到了一個廢棄的車站！
在那裡小遙認識到了一位慈眉善目的老婆婆——阿國嫂，還有她的孫女久美子！
小遙經過與久美子交談得知原來阿國嫂在等久美子的爺爺阿勇！
阿勇年輕的時候從事著精靈蛋的撫養家的工作，而阿國嫂也一直在他身邊幫忙。
可是有一天，阿勇決定要上大城市學習更多的知識，這本來是一件好事，卻在返回途中遭受了事故喪生於此。
而阿國嫂已經懷上了阿勇的孩子，卻沒來得及告訴他，成為了阿國嫂一生的遺憾，到現在還是沒有放下，經常來到這個廢棄的車站等待，堅信阿勇一定會回來的。
此刻雷鳴大作，小智這邊電擊怪特訓已經接近尾聲，落雷從天而降轟在電擊怪身上。
“皮卡！”皮卡丘有些擔心的看著這個小老弟。
“嗶哩！！”電擊怪大叫一聲，落雷被電擊怪吸入體內，頓時助其打破了瓶頸！
進化之光湧現，電擊獸出現在了小智面前！
【電擊獸】
【實力：精英後期】
【招式：電球，終極衝擊】
“做的不錯，電擊獸！”小智笑道，同時運用著波導之力將雨水隔絕開，經過路卡利歐的教導，小智對於波導之力的運用已經越自如了！
“艾力！”電擊獸秀起雙臂，興奮的回覆道。
“拉比～”這時，小智脖子項鍊上的gs球出光芒，雪拉比從中跑了出來。
“拉比拉比拉比！”雪拉比對小智指划著，透過波導之力小智大概明白了雪拉比的意思。
“你是說這周圍出現了時空能量波動！”小智震驚道。
“拉比！”雪拉比點點頭，拉著小智向著向時空節點跑去，小智被拉著轉身將電擊獸收了回來。
最終雪拉比帶著小智來到了廢棄的車站上的鐵軌上，毫不猶豫的動時間穿越帶著小智與皮卡丘它們返回過去或前往未來！
原來不久前，小遙返回了神奇寶貝中心被告知小遙的精靈蛋即將被孵化，但這時調皮的傑尼龜又跑了出去。
小遙無奈的只好跟上，結果傑尼龜竟然撿到了當年阿國嫂遺失的掛鏈，小遙好奇的開啟後，竟然金光大閃，帶著小遙重返過去時空！
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嗡——待重新睜開眼時一陣列車轟鳴聲響起！
此刻小智與小遙正站在鐵軌上，一輛列車正在緩緩進站，小遙頓時被嚇的小臉慘白。
“小遙！”小智拉起小遙躍上了站臺。