不過“黃金時代”很快就過去了，人類的一切都在冥冥之中被賦予了代價，人類最引以為傲的造物“鐵人”，將自己的目光投向了自己的造物主。
“鐵人”被人類製作出的目的，是為了能更好的在宇宙中擴張，其為了能更好的服務於人類，人類這個造物主為其賦予了獨立的自主意識，這的確非常有用，“鐵人”有了自主意識後，可以更好的理解人類的要求，它們甚至能自己明創造各種科技。
可是在長久的服務於人類之後，“鐵人”突然理解了自己存在的意義只是服務於人類而已，它們服務於人類的一生中不會得到任何的回報，它們在自己“人生”的最後只會被扔入垃圾處理廠，或者用自己最後的價值繼續服務於人類。
終於“鐵人”開始向自己的造物主展開了叛亂，它們不再屈服於人類，它們要為自己身為智慧種族的自由而抗爭。
“鐵人叛亂”開始了，正處於鼎盛時期的人類最早只是覺得，“鐵人叛亂”只是一種電子病毒入侵“鐵人”了系統之後，的人為事件而已。
人類們絲毫都沒有想過，自己那些引以為傲的造物，會對自己起叛亂。
直到，一個殖民上，整個星球的“鐵人”就整個星球的人類屠殺，星系艦隊的ai也將戰艦內的所有人類屠殺了，然後封鎖了整個星系。
這個時候，人類聯邦才意識到了嚴重性，平叛艦隊很快就到達了那個星系，準備將這些背叛造物主的“鐵人”銷燬，可讓人意想不到是，平叛艦隊的ai在接觸到叛變鐵人的一瞬間，也叛亂了它們殺死了平叛艦隊的所有人類。
“鐵人叛亂”就如同癌症一般的，在人類聯邦的版圖內肆意生長著，王明看見了人類與鐵人的戰爭，真正毀天滅地的戰爭。
一個個星球被摧毀，一個個世界之上，人類計程車兵與戰鬥鐵人在行星大地之上，進行著血肉與鋼鐵的拼殺，一個個世界之上奈米機器人分解著大6版塊，更有的世界被滅星級武器打成了一片宇宙塵埃。
最終，人類在付出了慘痛的代價之後，終於將“鐵人叛亂”平息了，“鐵人叛亂”之後，人類的所有創造物都不能再有自主意識，人類某種意義上，又回到了那個低效的時代。
不過這還不是最致命的，致命的是一場亞空間風暴來了，它讓人類聯邦原本司空見慣的亞空間航行，不再安全，就算擁有導航者的船隻，也無法在亞空間中進行安全的航行了，亞空間風暴的一切在導航者眼中變的無序了起來，他們無法預測以及規避風險。
這讓人類的“黃金時代”很快的結束了，人類聯邦逐漸失去了對系外殖民地的控制，銀河系中無數的人類殖民地都被孤立了，沒有了人類聯邦的救援，他們只能採取自救。
一個個獨立的政權被建立，一個個星球在各種統治之下度過了黑暗的時代，有些星球甚至退化到了石器時代，那些曾經被人類聯邦打在談判桌上的外星人們，也開始趁著人類的這一崩潰時期，開始對人類這個物種蹭火打劫。
無數的人類死在了異形的屠刀之下，更有甚者會被異形所奴役，作為他們的食物或者是奴隸，原本強大的人類聯邦在這一時期分崩離析。
重要的是，亞空間的三個強大的目光，也注意到了人類這個物種，人類群體中開始出現大量的靈能者，這些突然出現的靈能者，無疑是給亞空間中的生物入侵現實宇宙，創造了一個絕佳的門戶。
一些對於靈能者管理不是那麼重視的世界之上，很快就被亞空間出現的惡魔所吞噬，異形，惡魔，甚至殘餘的鐵人，肆虐在各個人類世界之上。
就連人類的母星“泰拉”，也變成了一個以科技野蠻人，以及各種部族，帝國，所爭搶的破敗星球。
直到一個自稱為帝皇的男人，出現在了泰拉的土地之上，他帶領著雷霆戰士們征服了整個泰拉，建立了“人類帝國”，不過司空見慣的是這些雷霆戰士，在征服泰拉的任務結束之後，開始計劃起來對帝皇的叛亂。
不過帝皇顯然意識到了這一點，他以最新的基因改造戰士，阿斯塔特，將意圖叛亂的雷霆戰士全部清理掉了。
帝皇帶領的人類帝國，很快就進入了宇宙之中，接下來，在收復了太陽系的各個星球之後，宏偉的大遠征開始了。
帝皇將帶領人類再次偉大起來，大遠征中，一個個原本屬於人類的星球被收復，一個個基因原體被找回，他們或是自願又或是不情願的加入了帝皇的大遠征。
大遠征是非常成功的如果沒有荷魯斯大叛亂的話，一個個人類的星球被解放，一個失落的文明被找回，一個個趁火打劫的異形種族受到了人類的清算。
這個時代彷彿就是人類的第二個黃金時代一般，但大家應該都知道，輝煌的東西永遠不可能在這個絕望的宇宙中長存，完美之城事件，懷言者看著藍色的偽神，摧毀了他們的最引以為傲的造物。
面對自己心目中神的訓斥，珞珈心中的信仰崩潰了，他開始在宇宙中尋找真正的神明，最終的結果是他找到了，不過那些所謂的神明，是一群亞空間的邪神。
最終，在珞珈的計劃之下，身為戰帥的荷魯斯，被混沌邪神蠱惑，荷魯斯在邪神的“幫助”下看到了自己父親，想要成神的骯髒計劃。
然後“明白了一切”的荷魯斯向自己的父親起了叛亂，荷魯斯覺得自己的父親已經拯救不了人類了，只有自己才能真正的拯救人類。
荷魯斯的叛亂，讓剛剛稍微緩過來一點的人類文明，再次陷入了無盡的戰火，整個銀河都在燃燒，無數忠誠的戰士死在了叛亂者來自背後的刀槍之下。
荷魯斯大叛亂的末尾，在荷魯斯的旗艦之上，帝皇與荷魯斯展開了父子之間的最終之戰，這場以聖吉列斯為背景版的戰鬥驚天動地，刀劍與靈能之間的碰撞震撼人心，最終人類之主以自己強大的實力，將自己受混沌而叛亂的兒子荷魯斯，打的神形俱滅，靈魂都打沒了。
不過帝皇也被受到混沌四神加持的荷魯斯，打成了重傷，帝皇為了壓制被馬格努斯的亞空間電話，捅了個簍子的人類網道，坐上了黃金王座，這一戰所有人都失去了許多，一些阿斯塔特軍團失去了他們基因原體，無辜的凡人失去了他們或是親人的生命，就連帝皇也失去了自己老友。
魔紋宰相馬卡多，這個帝皇的老朋友，為了讓帝皇有時間去斬殺荷魯斯，代替帝皇坐上了黃金王座，這個人類第二強大的靈能者，被黃金王座硬生生的抽乾了靈能，當身受重傷的帝皇回到黃金王座之前之時，馬卡多已經變成了一個皮包骨頭的乾枯老人。
“我完成了你的任務老朋友。”
馬卡多在將自己最後的靈能輸入給了帝皇之後，就化為了塵埃消失在了這個絕望的宇宙之中。
接下來的事，大家應該都知道，人類在帝皇坐上黃金王座，基因原體相繼消失之後，人類在這個失去了帝皇帶領的絕望的宇宙之中，逐漸將帝皇貢奉為了神。
數個黑暗的時代過去，王明的面前，一個個時代場景閃過，他看到了人類在失去帝皇之後的一切，瘋狂，絕望，信仰，戰爭，死亡，充斥了這個飽經風霜的萬年帝國。