是啊，戰爭已經結束了，雖然朗姆逃跑，但以他一個老頭的身份，也很難再掀起風浪了。
灰原也是這輩子第一次知道，原來組織的boss烏丸蓮耶，實際上就是一個很強大的人工智慧。
那個人工智慧幾乎擁有著烏丸蓮耶的所有思想，想不到烏丸蓮耶死了之後，竟然依靠能永久儲存意識的軟體的方式存活至今···
關於組織boss是強大人工智慧的身份，柯南並沒有很意外，因為早在幾個月之前，他就接觸到了一些有關組織在秘密進行軟體開的情報。
那是貝爾摩德親自出馬，和軟體設計師板倉卓商討有關軟體開的。
只不過由於板倉卓意外捲入案件死亡，導致軟體的開就莫名中斷了，直到今天完全端掉黑衣組織老巢，柯南才知道貝爾摩德為什麼會在boss已經是成功以意識形態存活這個世界上時，還致力於找板倉卓開軟體了。
領先於整個人類時代的產物，不論是有機物或者是無機物，其必然會存在巨大的弊端，因為現如今成為人工智慧的烏丸蓮耶永久儲存意識的軟體不穩定性，致使他需要在時間期限到達後進行軟體更換，否則意識就會永久消散在這個世界上。
貝爾摩德正因為如此，這才會找到當時著名的cg特效師板倉卓開新的能永久儲存意識的軟體。
身為出色的軟體設計師，板倉卓的夢想是開出一款可以打敗將棋名人的將棋軟體來實現自己的一生夢想，但他沒有想到自己開的軟體竟然隱藏著會阻礙全人類的展的可怕產物。
而他現有可能會對全人類展造成巨大負面影響的東西，就是貝爾摩德所需要的永久儲存意識軟體。
因為想要開出打敗所有將棋名人的軟體，板倉卓就必須收錄各種各樣的將棋名局，在收集過程中，永久儲存將棋名人下棋思路的意識軟體，無意中被開了出來。
這些意識一旦被加以利用，就會對人類不斷前進的歷史展產生巨大影響，貝爾摩德正是現了這潛藏的驚鴻，才會讓板倉卓進行軟體開。
只不過板倉卓並沒有意識到，早在他之前，也有人開出了永久意識軟體，那種軟體，就是死後烏丸蓮耶所儲存意識用的，只不過這種軟體開極其不穩定，而板倉卓的軟體則有著很大的改進空間，可惜的是，軟體開不能繼續，而板倉卓，也離開了人世。
這些秘密琴酒和伏特加並不知道，在他們看來，那位先生所下達的指示是不容置疑的，哪怕是讓他們去送死。
在對決中，柯南還知道了當時在保險櫃裡搜查的琴酒，其實是貝爾摩德易容假扮的，意識到伏特加有可能會被板倉卓所騙，貝爾摩德這才在情急之下易容成琴酒阻止他的行為防止自己身份暴露，而易容琴酒而非本尊出現，也是防止板倉卓認出自己。
軟體開從始至終一直是伏特加在明面上跟進，而貝爾摩德是暗中跟進，因為板倉卓曾見過莎朗溫亞德的面貌，二人還水火不容的大吵一架，無奈之下貝爾摩德只能暗中與板倉卓進行交涉，明面上，則讓伏特加幫助自己監視前者。
現如今琴酒自盡，伏特加死在了赤井秀一的手裡，貝爾摩德死在了朱蒂老師的槍下，至於其他組織成員也是死的死傷的傷，除了逃走的朗姆以外，所有黑衣組織的成員無一例外全部落馬。
在這其中，被生擒的科學家和工程師數量不在少數，雖然這些人全是醫學界，財經界和政界有關的重要人物，但他們在黑衣組織當中卻都是邊緣級別的人物，即便審訊也很難套出有用的情報。
柯南不甘的皺了皺眉頭，拳頭緊握間神情凝重，到最後，還是讓朗姆那個混蛋跑了，不過好在人工智慧烏丸蓮耶已經被八個蛋摧毀，黑衣組織的老大，在存活了一百四十多年後，終於是真正的離開了這個世界，回到了他本該回到的極樂世界。
作為潛伏臥底的水無憐奈因為是裡應外合瓦解黑衣組織的重要角色而身負重傷，但好在生命並無危險，同為臥底的波本安室先生倒是沒有水無憐奈受傷那麼嚴重，可他也掛了不少的彩。
看著柯南的側臉，灰原抱著胳膊，此時的女孩心裡在想別的事情，“這個大偵探也會回到以前的生活了吧，從此以後，世界上再也沒有了江戶川柯南，只有復活的工藤新一，那個平成年代···不，令和年代的福爾摩斯了，而他與我，將不再有任何瓜葛。”
冷冷地揚起一抹有些淒涼的微笑，灰原知道這一天早晚都會到來，對著柯南說道“瑪麗阿姨給的資料我會加快進度研製解藥，你不去看看你的小蘭姐姐麼，她可是也為了摧毀組織而立下了汗馬功勞呢。”
“嗯，那你呢，以後有什麼打算嗎？”
柯南腦海裡浮現毛利蘭的身影，點了點頭，他看著灰原，問道。
“···”
灰原久久不言，閉上眼又睜了開來，隨意的笑道“不知道呢。”
柯南沒有說話，他感覺灰原不太對勁的樣子，看著她的臉上多了些惆悵，“如果不回到帝丹小學和孩子們去上課的話，你可以加入證人保護計劃，換一個身份重新生活。”
灰原嘆了口氣，“證人保護計劃，實際上和汙點證人沒什麼區別，相比較這個，我倒是更喜歡做一個無憂無慮並且熱愛科學的小學生。”
說罷，灰原露出了淡淡的笑容，“江戶川柯南和灰原哀是不可以同時消失的，我覺得現在這樣也挺好的，而且這樣我還可以照顧孩子們和博士。”