被鰲拜留下斷後的蔡毓榮只抵擋了兩日，就全軍覆沒，蔡毓榮在昌化兵敗被俘，被明軍以酷刑處死。
鰲拜都沒想到蔡毓榮敗得如此之快，清軍撤退的道路並不好走，浙軍斥候、閩軍斥候、瓊州軍夜不收、山地兵，還有天地會的特工人員沿途騷擾，拖延了鰲拜撤軍的時間。明軍在擊敗了蔡毓榮之後，用騎兵沿著大道尾隨追擊，山地兵從兩翼山林並行追擊，一路追趕過去，殺死俘虜了不少落單的清兵。
鰲拜也非等閒之輩，見明軍咬住自己的尾巴，便知蔡毓榮已經全軍覆沒。倘若任憑明軍尾隨和並行追擊，清軍一路敗退過去，只能更加潰不成軍，十多萬大軍能有三分之一逃回貴池就算不錯了。於是鰲拜勉強組織了敗兵，留下一部分兵力斷後，結陣對抗明軍。
劉國軒率領明軍主力趕到，很快就擊敗了被鰲拜留下來斷後的清軍，明軍又繼續追擊鰲拜主力，一路過去，殺的清軍屍橫遍野
。
鰲拜畢竟是久經沙場的老將，不斷丟擲一些本來就打算放棄的綠營兵，留下來阻攔明軍，減緩了明軍追擊的步伐。
清軍主力慘敗，為了減輕浙西和徽州一帶壓力，錢塘江以南的金華清軍陳世凱和牟大寅等清將集結了金華溫州等地綠營，湊集了三萬多清軍北上攻擊杭州。但張煌言鎮守杭州，明軍以錢塘江天險為防線，浙南上來的清軍連錢塘江都無法過去。
常熟、嘉善、松江、湖州等地投降明軍的綠營清軍得知鰲拜大敗的訊息，這些鼠兩端的傢伙趁機出兵，擴大自己的地盤。
儘管那些投降明軍的綠營清軍戰鬥力不強，他們打打順風仗還可以，而且蘇州常州等地城池堅固，要攻打併不是一件易事，可是鰲拜大敗的訊息傳來，蘇州、常州等地清廷官員人心惶惶，本來這些地方留下的兵力就不多。就算是蘇州、常州這樣的大城也只有五六百綠營，一些縣城只有一兩百綠營，甚至沒有綠營駐守。結果天地會安插在城內的內線趁機起事，同常熟方向出來的明軍裡應外合。這些投降明軍的綠營清軍趁勢奪取了蘇州、常州、太倉、平江、新陽等十幾座城，為自己開拓了地盤。
對那些不久前剛剛投降的不穩定分子，王新宇目前還暫時沒辦法對他們進行整編，給他們的軍隊安插自己的沙子，既然他們去攻城奪地。那就讓他們去好了，他們打下來的地盤也是屬於明軍的地盤，這樣就幫王新宇開拓了新的地盤。
江寧的清軍還是不敢輕舉妄動，被留守在江寧的馬國柱、麻勒吉等人不敢帶兵出擊攻打被明軍佔領的蘇州等地，因為鎮江到揚州這一線十分重要，鄭成功為了對付鰲拜，主動放棄了不久前攻克的揚州，撤軍江南，使得清廷的漕運線又恢復暢通。擔心失而復得的漕運線再次被切斷，大批清軍集結鎮江。來保護鎮江的江面。
其實明軍也沒有更多的實力去切斷漕運線，王新宇下一步計劃是暫時回廈門和東番，處理鄭經和鄭襲內亂的事情。
王新宇暫時無力攻打鎮江和江寧等地，目前王新宇手頭已經擁有了十一萬大軍，不過這十一萬人馬中，出了一萬五千瓊州軍和兩萬鄭家軍有攻堅能力，這三萬五千精銳要調回廈門，去對付鄭經和鄭襲的內亂。剩下的明軍，兩萬浙軍打襲擊戰還可以，正面強攻堅城的話。實力還是不夠。至於新編入明軍的五萬多新降綠營清軍，那就不考慮了，他們只能守城，用那些人去攻打江寧之類的堅城。只能是白白送死。而且這些新投降的綠營將領軍心也不穩，拿他們去當炮灰，會產生牴觸心理。
同時王新宇還要準備瓊州大海戰，殲滅來犯的尚之信、吳六奇和洪承疇的主力。有潛伏在平南王府的內線來報，洪承疇打算趁著瓊州軍出擊江南的機會，偷渡襲擊瓊州。一舉擊破王新宇的老巢。
而且根據內線彙報，洪承疇很可能是會親自帶兵！
“既然洪承疇這個老賊要來，那就最好了！能把洪承疇消滅在瓊州，能宰掉這條老狗最好了！這是給江南百姓報了大仇啊！”王新宇得知這個訊息，十分興奮。
王餘佑提議道“其實留給我們的時間不多了！對付洪承疇和吳六奇，把閩軍調去瓊州。王將軍你自己的瓊州軍，去廈門和東番平叛！江南就留給浙軍和新降的綠營好了。”
“王先生言之有理！若是把閩軍調去廈門和東番平叛，讓他們去對曾經的同袍下手，恐怕軍心會不穩，到時候反受其害，還是瓊州軍去平叛為妙，閩軍調去對付洪承疇那老狗！另外秋收的稻穀已經收了上來，我們的軍糧充足
。只要我們在江南修建城池，張大人就能守住江南。”王新宇點頭贊同了王餘佑的看法。
廈門平叛一事已經迫在眉睫，鄭成功的身體越來越差，倘若幾日後得知鄭經抗命不肯自盡的訊息，恐怕鄭成功會被當場氣死。
不過現在還不能馬上撤軍，明軍尚在追擊鰲拜，必須要趁勝追擊，儘可能大量的殲滅清軍，等把鰲拜趕到貴池，王新宇才能騰出手來去廈門和東番平叛。但王新宇又擔心如果去的晚了一步，不管是鄭經獲勝還是鄭襲獲勝，東番都將丟失，自己就失去了一個地盤，炮廠和新式武器的工廠都將落入對自己不懷好意的傢伙手中，那樣對自己就很不利。只有儘快解決內訌問題，才能放開手去對付清軍。
攘外必先安內，在這時候是正確的戰略思想。可以肯定一點，清廷肯定不甘心丟失半個江南，既然已經有陳世凱和牟大寅的反撲，那麼接下來，江西、福建、廣東、湖南、湖北的清軍將會像瘋子一樣不斷的攻擊江南，江南的戰火短時間內不會平息。退一萬步說，清軍若是損失慘重，清廷暫時停戰，他們的底線肯定是不會放棄江寧、鎮江和揚州等地。
接下來很長一段時間內江南將會戰亂不斷，瓊州和東番是王新宇兩個安定的後方。必須要儘快解決內部的敵人，讓自己可以後顧無憂的同清軍在江南消耗。
看出王新宇的為難，王餘佑提議道“王將軍，我們可以先把水師調去廈門和東番。卑職可以肯定。鄭經面臨危險，他要對付鄭襲，這時候肯定會排除異己。我們的水師去了廈門，把一些不肯服從鄭經的人都接過來，投入江南戰場。而王將軍自己的瓊州軍再去東番島。趁著鄭襲大軍盡出，東番島空虛的機會，一舉奪取東番，回頭再去廈門，屆時鄭經和鄭襲打得兩敗俱傷，我們就能趁勢把他們一網打盡。”
“好！那本將這就把主力水師全部調去廈門！不過有一點不放心的是，洪承疇這老狗若是趁著我們水師都在廈門的機會登6瓊州島，恐怕不好處理。我們在瓊州島上只剩下一些老弱殘兵和女人小孩。”王新宇道。
“那有什麼不好處理的？”王餘佑很鎮定的笑道，“卑職也見過將軍在瓊州的城池，韃子若要進攻瓊州。恐怕攻城都不好攻吧？而且每座城池裡面都儲備了足夠的糧食，洪承疇要圍困的話，不圍困上半年一年的根本就困不死守軍。而我們這裡不需要半年，最多三個月就能解決鄭經鄭襲內亂的事情，等我們水師趕到瓊州，滅掉了韃子水師，洪承疇這老狗就反過來被困在瓊州島上了！屆時將軍集結兵力，必將一舉殲滅洪承疇！”
王新宇採納了王餘佑的提議，海軍精銳盡出，全部趕往廈門和東番海域。與此同時。王新宇還讓快船去瓊州報信，提醒瓊州要注意洪承疇的偷襲，並把瓊州的海軍也調走，準備全力遏制鄭經和鄭襲的內訌。