何斌定下了透過鹿耳門的計劃，他還告訴鄭成功，在赤崁城有他的內應。當鄭家軍透過鹿耳門進攻赤崁城的時候，何斌的內應會開啟城門把鄭家軍放進去。
農曆二月二十三日，鄭成功點將周全斌、何義、陳蟒、馬信、楊祖、蕭拱辰、黃昭、陳澤、吳豪、張志、林福、羅蘊章等將領，率軍一萬一千人馬，所有攻臺人員全部搬往金門島，在金門島上進行最後的準備。
王新宇率領的南洋海軍是一支右翼部隊，專門負責消滅駐臺荷蘭艦隊，阻隔可能從爪哇島來增援的荷蘭東印度公司主力艦隊。王新宇的艦隊出動三艘勇士級四級巡航艦、三艘勇敢五級巡航艦和八艘鸕鷀級六級艦，另外出動一支擁有六艘蜈蚣快船的快船隊，搭載快舢板十二條，水師特戰隊員一百三十人，熟悉西式軟帆船駕駛的英國水手二十四人，中國水手七十二人。
屆時，快船隊將會在夜間悄悄抵達南泊口外面停泊，放下小船，趁著夜色的掩護劃入港內，在距離荷蘭船兩百米外停船，讓特戰隊先潛泳過去，爬上荷蘭人的大船。等控制住荷蘭人的大船之後，再出訊號，讓小船划過去靠上大船，把水手送上船，就能開走大船了。
其實就四條大船，王新宇可以完全不需要出動海軍特戰隊，但一方面是出於對西式船的喜歡，就好像騎士熱愛戰馬一樣，作為一名走海上強國路線的將領，對船有無限的熱愛；另外一個原因是給自己的特戰隊練兵，為以後奪取爪哇島的巴達維亞進行一場預演訓練。因為在半年內，王新宇將會對荷蘭全面宣戰。在鄭成功登6臺灣之後，王新宇就會帶著船隊，遠征爪哇島，一舉殲滅巴達維亞港內的荷蘭艦隊，然後在新加坡建立據點，為獲得建造戰列艦的原料而奪取一個馬來半島最南端的港口。
原本根據何斌的建議，先頭部隊不需要攜帶太多糧食，因為只需兩天就能到東番島。但王新宇提成建議，天有不測風雲，大海上的天氣更是難以預測 ，鄭家軍多小船，聲稱若是萬一在海上碰到風浪，被阻隔在澎湖島，豈不是要多消耗糧食。
鄭成功覺得王新宇的話很有道理，於是多準備了糧食。
一六六一年農曆三月二十三日，公曆四月二十一日，經過一個月充分準備的鄭成功大軍從料羅灣出，龐大的船隊乘風破浪，向澎湖列島駛去。
船隊四月二十二日抵達澎湖，原計劃是二十五日從澎湖出，二十六日即可透過鹿耳門，但因為連續幾日風浪很大，鄭家軍被困在澎湖島上。
“幸虧聽從了賢侄的勸告，準備了足夠的糧食，要不然我們大軍要餓幾天肚子了！”鄭成功讚歎道。
連續幾日，風浪都很大，原本歷史上是鄭成功為了趕潮水，在四月三十日夜晚冒著風浪連夜渡海，五月一日進入臺江內海，起收復臺灣的戰役。現在糧食充足，王新宇提議說，自己運輸特戰隊和水手的快船隊因為經受不起風浪，只能等風平浪靜才能出航，而且再過半個月，天上有月亮，也有利於特戰隊的夜間偷襲行動。因此王新宇建議鄭成功在澎湖多逗留半個月，於五月十三日晚出。
鄭成功答應了王新宇的提議，同意在澎湖住半個月再起行動。
半個月過去了，天氣逐漸轉熱，原本波浪滔天的臺灣海峽隨著夏季的到來，逐漸變得風平浪靜。夏天的大海，只要沒有颱風，都是很平靜的。
五月十三日，農曆四月十五日中午，王新宇自己的船隊先出，開始了奪船行動。
夏季的臺灣海峽，風平浪靜，十四艘大艦和六艘快船在海面上航行，經過一個下午的航行，天黑之後，船隊已經駛過了一大半路程，在深夜可以抵達南泊口。
火紅的夕陽從西面的海天一線處落下，海面波濤泛動的燦燦金光逐漸變暗，當夜幕籠罩在大海上的時候，一輪圓月從東面天邊升起，給海面上撒上一層銀光。
王新宇離開旗艦德雷克號，親自登上一艘蜈蚣快船，準備指揮襲擊行動。
“準備划槳！”王新宇下了命令。
槳艙內的槳手們搖動船槳，快船開始加，在風力和槳的雙重力量下，快船很快就達到了十一節的高，把那些只有六七節航的大船遠遠甩在後面。
快船隊和艦隊分離之後，槳手們奮力划動快船，向臺灣海岸線劃去。
亥時一刻，也就是晚上九點半的時候，快船隊面前出現了一大片黝黑的海岸線。
“快到了！船隊全部停止前進！”王新宇讓人傳令下去。
快船隊在距離南泊口三海里外的海面上停泊下來。雖然天上有圓月，但因為快船目標很小，當年又沒有探照燈，南泊口的荷蘭人根本就沒現悄悄抵近的明軍快船隊。和那個年代的東方人一樣，荷蘭人睡覺也很早。這個時候，大部分的荷蘭人都已經進入夢鄉。
六艘蜈蚣快船上，舷側炮位都已經拆除，每艘船都搭載兩條小舢板。
王新宇交代帶隊執行任務的胡德帝“你們海軍特戰隊也經過快一個月奪船訓練了！今日的行動，你們只許成功不許失敗！好了，我的話說完了，出！”
快船上的水手搖動手搖式吊車，把小艇放到海中。
胡德帝帶著特戰隊員和準備駕船的水手，登上了小船。
月光照耀的海面上微波盪漾，顯得十分平靜。小船劃開銀波，緩緩向荷蘭人的港口劃去。這支海軍特戰隊是遠越這個時代一支軍隊，那個年代的人根本就不會考慮到，還能有人會在夜間進入自己的港口偷襲奪船。
十二條塗著黑色塗裝的小船悄悄劃入港內，船上的特戰隊員和水手們都身穿黑衣，在能見度不高的夜間，儘管天上有月亮，也很難現遠處海面上的小船。
藉助著月光的照明，胡德帝隱約看到了停泊在碼頭上的赫托克號龐大的輪廓。那艘最大的荷蘭戰艦，正是他的目標。
因為天上有月光，能見度比平時的黑夜要好得多，因此胡德帝讓小船在距離荷蘭人的大船還有三百米的位置外就停泊下來。
胡德帝第一個跳進水中，後面的海軍特戰隊員們一個接一個跳進水中，用蛙泳的姿勢幾乎是無聲無息的向荷蘭船游去。在距離荷蘭船還有五六十米的時候，胡德帝深呼吸一口，潛入水中，潛泳遊向赫克託號。
游到赫克託號身邊，胡德帝從水裡鑽出。和平時在金門島上訓練的一樣，他游到船頭，抓住錨鏈往上攀爬。在整個身體離開水面之後，胡德帝立即施展他的輕功絕技，抓住錨鏈飛快的攀爬上去，很快就爬上了赫克託號的船頭。
胡德帝像是輕盈的小貓一樣輕輕跳上甲板，這時候船上留守的荷蘭士兵根本就沒現有人爬上船，兩名負責巡夜的荷蘭士兵在站在船中部聊天。