八艘腿短的笛型貨船又如何跑得過戰艦，被荷蘭人丟下的笛型船很快就被南洋海軍快梯隊的八艘六級艦追上，從背後一陣炮火猛烈轟擊。
六級艦的六磅小炮打上去不痛不癢，但鏈彈打掉風帆，使得本來腿就短的笛型船變成瘸子，更是跑不動。隨後王新宇親自率領的德雷克號、勇氣號、赫克託號等戰艦合圍上來，用一通猛烈的炮火招呼上去，荷蘭人就乖乖的打出白旗投降。
快梯隊的六級艦繼續追擊其他的荷蘭船，連續擊沉了三艘快艇，五瞍小型戰船，還攔下了一艘小型亞哈特船，迫使那艘荷蘭船投降。
還有一艘沒來得及跑掉的武裝蓋倫船也被明軍追上，四艘快的六級艦糾纏住荷蘭人，就像四條惡狼撕咬一頭壯士的公牛一樣，打得荷蘭船寸步難行。隨後兩艘五級艦追上武裝蓋倫船，向荷蘭人出旗語，讓他們投降。
海面上浮浮沉沉的都是落水的荷蘭人，剛剛被擊沉了三艘快艇和五瞍小型戰船，有三百多名荷蘭人跳進海里。
赤頸鴨號帶著她的姊妹艦，在海面上打撈起荷蘭人。這些俘虜可都是白花花的銀子！只要明軍在巴達維亞灣外封鎖上一段時間，荷蘭人肯定會派人來談判。到時候就能把俘虜和繳獲的笛型船都拿來賣錢。
偷襲巴達維亞的戰役大獲全勝，王新宇共計繳獲了四艘巨大的東印度船，十一艘大型亞哈特船，一艘武裝蓋倫船，一艘小型亞哈特船和十艘笛型船，擊沉炸沉了二十多艘大小船隻，致使巴達維亞的荷蘭人完全喪失了制海權。
“王軍門，我們是不是可以衝進巴達維亞灣去，把紅毛鬼所有船隻全部擊沉？”陳雷提出了建議。
親兵李銳也附和道“對，我們現在大獲全勝士氣正旺，剛好可以趁勝追擊，殺進巴達維亞灣，把紅毛鬼的所有船全部擊沉到海底。”
對李銳的提議王新宇是直搖頭，在海戰中士氣並非是決定性的因素，更重要的是看戰艦和人員素質。在海戰中，一艘戰艦上只要艦長不跑，哪怕三分之一的水兵崩潰了，想要逃跑，都不可能有太大的影響，因為他們都是這艘戰艦的一份子，只要艦長不跑，誰都別想跑，水兵們想要活命，就只能充分揮自己的技術拼死一戰。而在6地上，只有十分之一計程車兵心理崩潰，開始逃跑，就會導致全軍崩潰。
“各位，我們現在的胃口還沒辦法吃下巴達維亞，荷蘭人已經失去了制海權，我們又何必冒險進入巴達維亞灣內？現在荷蘭人已經有準備了，我們進入海灣內，只會遭到他們的海岸炮臺攻擊！就算把他們那些不值錢的小船全部擊沉，又能起到什麼效果？我們還不如就在這裡等待，等他們來和我們談判，我們從談判桌上撈取更多的利益。”王新宇開口道。
明軍艦隊封鎖住巴達維亞灣，阻止任何船隻進入巴達維亞，也阻止港內的荷蘭人離開。為了做好長時間拖住荷蘭人的打算，王新宇在巴達維亞灣外圍的幾座比較大的島嶼上修建了碼頭，並用俘虜的蘇祿土著人開荒地，開闢出水稻田和菜地。在軍艦上養的雞鴨豬羊也被送到岸上，在島上建造養殖場。
與此同時，王新宇還派遣幾艘船去了一趟坤甸，帶回一批對漢人友善的，懂得捕魚的蘇祿人和他們的獨木舟，讓他們在附近島嶼上居住，負責捕魚，給明軍提供海鮮。
但是半個多月過去了，荷蘭人也沒有派人出來找在海上巡弋的明軍艦隊談判。
巴達維亞城內有三千多華人，爪哇島上其他地方還有五千多華人。城內的華人從事商業活動，開設店鋪、賭場，從事貨物加工、零售等行業。爪哇島其他地方，包括在萬丹王國的華人主要是開種植園，種植甘蔗和其他水果。而荷蘭人的人數其實不是很多，只有五千多人，東印度公司的其他白人大部分都是歐洲跑來淘金的其他國家白人。
爪哇島上的荷蘭人雖然被封鎖，但島上的食物還是足夠他們吃的。至於貿易被中斷了，克倫克認為，外面的海盜不可能永遠封鎖下去，只要長時間沒有貨物送回國內，半年後國內的艦隊就會趕來，到了那時就能輕鬆擊敗海盜。
到了八月四日的時候，在北面巡邏的一艘六級艦回來帕裡島上向王新宇彙報“北面現兩艘荷蘭大船，還有六艘荷蘭小船！”
“立即出擊！把這些荷蘭人攔下來！”王新宇果斷的帶著兩艘四級艦、兩艘五級艦和四艘六級艦前去攔截荷蘭船隊。
誰知道明軍戰艦剛剛靠上去，還沒射一炮彈，荷蘭船就掛出了白旗。
八艘南洋公司的大船上，放下了八艘小船。四百多名海軍6戰隊員分乘八艘小船，分成多批划著小船過去，去接管投降的荷蘭船。等到控制住荷蘭人之後，王新宇親自帶著親兵隊，乘坐小船靠上了荷蘭船。
剛剛踏上荷蘭船，就聽到一名荷蘭人用生硬的閩南語大聲喊叫著“我們是從臺灣過來的！你們的延平王爺放了我們！你們不能扣押我們！”
“這是怎麼回事？”王新宇問道。
陳雷回道“回軍門，這個紅毛鬼說是從東番島上回來的，他們已經向延平王投降了，他們賠償了延平王不少銀子，雙方已經簽了協議了，延平王才把他們放回來。沒想到來到這裡又被我們抓住了。”說著陳雷就把荷蘭人向鄭成功的投降協議書拿出來呈給王新宇。
王新宇接過投降協議書一看，才明白，原來這個荷蘭人就是揆一！這傢伙在東番島上向鄭成功投降，之後等到了兩艘開往日本的商船回來，荷蘭人把大炮、銀子和倉庫裡面的貴重貨物留了下來，只帶著食物和隨身武器撤離臺灣。揆一帶人登船準備返回巴達維亞，誰知道在快到巴達維亞的時候，又被明軍攔住一次。
王新宇看完了投降書，笑著道“揆一先生，你已經投降一次了，不妨再投降一次吧！因為我們是南洋公司，和延平王無關！這樣吧，你先到我島上去住幾天，我會派人給巴達維亞的總督送信的。只要他們派人來談判，我就會把你們送回去。”
“你沒有權力扣押我！我們和你們已經有投降協議了！我們已經停火了！”揆一憤怒的大聲喊叫著。
但王新宇才不管這些荷蘭人如何抗議，他下令把荷蘭人帶上帕裡島。