政和年間，宋微宗命人收集天下道家之書，編撰“萬壽道藏”，並讓黃裳負責刻書。
黃裳生怕刻錯了字，會被皇帝殺頭，便一字一句仔細校驗，讀了幾年，竟然精通道學，並從中領悟絕世武功。之後，黃裳因功被封官，治理一方。
後來，波斯明教傳入中土，黃裳奉命剿滅，殺人無數，被人報復，自己全家被人殺害。為了報仇，黃裳隱居深山，苦心鑽研天下武學，最終創出《九陰真經》上下兩部。
只是，等他出山之時，已經是四十多年過去，所有的仇家已經老死。
為免自己創下的絕學失傳，他便將《九陰真經》書寫出來，流傳後世。
一部《九陰真經》，引得江湖大亂，更引出了華山論劍。
最終，王重陽奪得天下第一，獲得了《九陰真經》的所有權，並誓自己絕不習練《九陰真經》，也不允許全真弟子修煉，以示自己並無私心，只是不想讓《九陰真經》引起武林動亂。
後來，王重陽舊傷復，本想毀去《九陰真經》，卻又不想斷送了前人心血。便讓周伯通將上下兩部分別藏起，以免落入奸人之手。
只是，周伯通藏好了上卷，再去藏下卷的時候，遇到了黃老邪夫婦，被他們一通哄騙，將《九陰真經》拿給黃藥師的妻子馮衡看了一遍。
哪曾想，馮衡竟有過目不忘本事，只是看了一遍，便將《九陰真經》全部記下，並背誦下來，還忽悠周伯通，說經書是假，被人調包。
周伯通訊以為真，將《九陰真經》下半部毀掉。
黃老邪現下半部九陰真經只有外功，沒有內功，也不屑於修煉。只是他的兩個徒弟，卻偷了經書，逃離桃花島。
當時已經懷孕八個月的馮衡，不想讓丈夫難過，重新默寫《九陰真經》下半部。只是時隔久遠，再加上馮衡並不懂經文含義，強行默寫，大傷元氣，最後費盡心力，生下黃蓉之後，便力竭身亡。
幾年後，江湖上出現黑風雙煞，老頑童才知道自己當初被黃老邪夫婦欺騙。擔心上部《九陰真經》被人盜走，便取出上部《九陰真經》，隨身攜帶。又覺辜負了師兄所託，便前往桃花島，要回下半部《九陰真經》。
周伯通見黃老邪痛失愛妻，還說沒了老婆更好練功，結果被黃老邪打成重傷，逃到洞中。
周伯通想要從黃老邪那裡要回《九陰真經》下半部，黃老邪也想從他手中拿到上半部，燒給妻子，告慰妻子在天之靈。
老頑童困守洞中，若是黃藥師來搶，他便毀掉九陰真經。
黃藥師也不願偷襲，更不願用其他不光明的手段對付周伯通，讓人每天給他送吃送喝，只是以簫聲折磨老頑童，想要讓他屈服。
兩人這一番對峙，就是十五年光景。
聽完周伯通講述的細節，周毅也是感慨，這兩人都有些奇葩。
“這《九陰真經》的上半部，一直都被我帶在身上，從未給其他人看過，你是從哪學到的？”
周毅也並未隱瞞：“別忘了，這世上還有一個人看過全部的《九陰真經》。”
“是誰？我怎麼不知道？”
“當然是你的王師兄。”
“我師兄？我師兄早就死了，你怎麼可能從他那裡學到《九陰真經》？你可不要騙我，我很聰明的。”
“你師兄確實死了，但他生前曾在一處隱蔽所在留下了這《九陰真經》的一部分內容。”
“這不可能。我師兄說過，他自己不會練，也不會傳給別人。就連我都不能練，怎麼會？”