2003年元月，經HF市教育局批准，北大教育投資有限責任公司和中科院合肥研究院簽定合作辦學協議，原有的“科院附中”改製為國有民辦全日制寄宿學校——“合肥北大附屬實驗學校”。簽字儀式在固體所南樓二樓會議廳舉行，省、市教育界領導都到現場。研究院將三幢單身宿舍樓和原招待所劃歸學校，校舍按統一風格裝修，更新添置講臺、課桌椅等硬體，辦學條件有所改善。同年暑期按新的收費政策運作，當年招生情況一般，在校學生人數基本持平。
鼠人這時仍當“合肥北大附屬實驗學校”副校長，分管教學工作，4月起兼任學校黨支部書記。
那時學校主導權被控股的“北大教育投資公司”掌握，一下來了許多管理人員，公司總經理從開始聯絡合作辦學的陳總陳巨中，到合作初期的朱總朱孟儀，再到後來的陳總陳世峰，三年三個“總”，如走馬燈般不停地換。校辦主任、學工處主任、財務主管等等都是北大教教育投資公司聘用來的，這些人都只是憑著說嘴賣瓢，曾經在哪些公司、某某民辦學校幹過什麼什麼，就被聘來掌管學校生死大權和要害部門，對學校管理並不內行，根本沒有把學校當作自己安身立命之地、更沒有為廣大教職工利益作長遠考慮的責任感、使命感，卻往往自命不凡，頤指氣使。鼠人與這樣的人一起共事，實在不爽、窩火，有時也會爭吵，甚至發脾氣。
與此同時，學校教師、學生，島上好議論的職工和家屬，對好好的“科院附中”搞什麼合作，校名改成什麼“合肥北大附屬實驗學校”很反感，很不理解。有時謠言不斷，說什麼的都有，作為學校的主要教學負責人，對內要做老師同學們的說服勸導工作，對外還要對一些毫無根據的謠言澄清、作解釋。面對這樣內外交困的煎熬，一度時候，鼠人的心臟出現了早搏，24小時動態早搏達兩萬多次，醫生診斷為心律失常、房顫，開住院單讓住院治療，承霞甚至辦好了住院手續逼著他去醫院。可那情況下，鼠人哪裡靜得下心來住到醫院裡呢，他的內心是激烈的、難耐的，他必須堅持，一定程度上說是堅持鬥爭。醫生說他是“亢奮”，亢奮就亢奮吧，總之，他也感覺不出心臟真會出多大的問題，真會有什麼生命危險。
2005年春天開學，北大教育投資公司新任命的董事長決意要大幅減少教職工並降低工資，學校掀起軒然大波，一批教職工難以適應，選擇退出，學校工作一時陷入困境。於是臨時招來許多老師來應急，勉強支撐。教職工的整體管理水平受到削弱，鼠人一上班，聽到中學樓內學生鬧哄哄的聲音就感到心煩，就難以承受，他真的心力交瘁了，憤然提出辭去教學校長職務。時任研究院分管學校工作的Y副院長、學校執行校長王勇等都勸留，但鼠人態度堅決，寫了辭職信，決意辭職。
由於研究院與北大教育投資公司在辦學理念上不一致，雙方合作出現問題，北大方面要求研究院承擔辦學虧空部分資金，要對研究院子弟的收費進行調整，沒有得到研究院的同意，陳世峰竟然勒令把島上子弟趕出校園。此事震動全島，研究院主要領導召開了由學校負責人參加的緊急會議。鼠人以黨支部書記身份參會，在談及島上子弟遭如此對待不可接受時，鼠人也由衷感言，學校老師這兩年的遭遇也是屈辱的，那所謂“陳總”開教師大會，出口就是“我操”“我操”，我操什麼啊，那是罵人的話，我們家鄉有“操你M，操你NN，操你ZZBD”的，還講什麼“沒有錢，活得沒有尊嚴”等等，簡直是流氓，汙辱人嘛！鼠人講到激憤時，情不自禁地當著院領導拍起了桌子，事後回想，失態了。院領導為此對老師們所受屈辱表示感同身受，同時冷靜地分析了形勢，深知這樣的合作已經走到盡頭了。
其後，北大方面以研究院子弟繳費低為理由起訴研究院，雙方矛盾進一步激化，繼而北大教育投資公司董事長由於經濟問題被限制自由，05年底彼此合作暫停，財務凍結。
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