在探索警察局時，里昂在停車場遇到了艾達·王（adaong），兩人結伴而行。同時，克萊爾救了一個名叫雪莉·柏金（sherryBirkin）的小女孩，她從自己父親威廉那裡攜帶了g病毒的病毒樣本，並被某人追擊。
里昂現有一條下水道連線著警察局和安布雷拉的研究所，他還沒有意識到，一個強大的怪物將會阻礙他的逃生之路。在研究設所裡，克萊爾偶遇安妮特（annette），一個安布雷拉的研究員，也是雪莉的母親。她向克萊爾詳細說明了浣熊市爆災難的起因；下水道里的那個名叫“g”的怪物實際上是她的丈夫威廉。
里昂來到了研究所的另一處地方，遭到一個生化暴君的攻擊。在戰鬥中，他鋌而走險，挽救艾達於危難之間。他們繼續一起行動，微妙的感覺在兩人之間萌生。最終，艾達向里昂講出了實情，她其實是被派來偷取g病毒的間諜。另一方面，克萊爾與安耐特在一起時，g突然出現，砍傷了安妮特。安妮特將g病毒疫苗的製作說明交給克萊爾後死去。雪莉感染上了病毒，克萊爾最後成功製作疫苗，挽救了雪莉，後又在實驗室現緊急脫出火車，這時里昂也成功脫出，再分別戰勝g和暴君後，克萊爾里昂雪莉三人終於逃出生天。
生化危機3劇情，故事隨著1代之後，1998年，浣熊市迎來最後一個秋天。吉爾·瓦倫蒂安（Ji11Va1entine）仍留在城市裡調查安布雷拉公司，但此刻美國聯邦政府決定以核彈徹底毀滅浣熊市，得知事態嚴重性後，吉爾展開了她的逃亡之旅。
病毒迅地傳播，大部分市民已經變成了喪屍。安布雷拉故作姿態地派出“安布雷拉生化危機緊急對策部隊（u.B.c.s.）”前往疏散市民。卡洛斯·奧利維拉（car1oso1iveira）是u.B.c.s.的一名僱傭兵。卡洛斯和吉爾相遇之後二人開始合作，試圖逃出浣熊市這個人間地獄。
此刻一個黑色裝束的怪物擋住了他們的去路。就是復安布雷拉歐洲分部派來的生化武器，追蹤者（nemesis），又名復仇女神，怪物的任務就是將所有s.T.a.R.s.成員至於死地。
追蹤者乾淨利落地解決掉布萊德後，繼續追蹤吉爾以完成它的使命。強大的追蹤者撩倒了一個又一個的u.B.c.s.傭兵。而一個叛徒同樣得為u.B.c.s.的慘重傷亡而負責。這名叛徒就是尼古萊·基諾瓦夫（ninetovaef），一名有著特殊任務的安布雷拉內部間諜組的成員。他計劃將生化武器的野外實戰資料從浣熊市帶回安布雷拉，出賣u.B.c.s.的成員也再所不惜，僅僅是為了酬金。逃至市政府時，吉爾不幸受到追擊者攻擊而感染了T病毒，於是卡洛斯便到安布雷拉公司旗下的附屬醫院尋找解藥。
吉爾康復過來之後，卡洛斯帶來了震驚的訊息。美國政府的導彈已經蓄勢待，浣熊市馬上就會被夷為平地。逃亡已刻不容緩，同時追蹤者又變異成為更強大的形態。更有尼古拉仍然對吉爾人頭的懸賞虎視耽耽，可謂是四面楚歌。就在吉爾和卡洛斯即將絕望的時候，他們聯絡上了一架趕來救援的直升機，但是已變異的面目全非的追擊者依然不放過他們，在吉爾的頑強戰鬥下，追擊者被電磁炮擊碎，吉爾和卡洛斯搭乘直升機成功脫出，直升機駕駛員竟是1代隨吉爾和克里斯共同逃生的巴瑞（BarryBurton）。
隨著核彈的到來，浣熊市伴隨著它的秘密與未解開的真相，化作了一片廢墟。
1o月初
被汙染地區包圍而四面楚歌的浣熊市已無任何挽救的希望，病毒藉助下水管道感染了其中的生物並藉此進入城市。災變很快以汙染源所在的城區為中心向全城蔓延。市內緊急部署的軍力在很短的時間內就逐漸瓦解。浣熊市漸漸淪為一座被病毒完全侵蝕的人間地獄。美國軍方很快封鎖了該片區域並投入大規模的軍隊控制事態進一步惡化。
幾天後進入浣熊市的美軍在與生化怪物的戰鬥中遭受嚴重損失，最後在實驗體銷燬工廠消滅五隻暴君之後匆忙撤退，國家高層緊急透過了“滅菌”作戰方案，數小時後，軍方投放了一枚核彈，浣熊市於凌晨從地球上徹底抹去，過1o萬人在此次災變中死亡。史稱浣熊市生化危機事件。
原先已確認死亡的艾達，在投靠至h.c.F.的前任s.T.a.R.s.隊長威斯克的救助下復活，威斯克從威廉身上得到“g病毒”，艾達在暗中給予里昂和克萊爾協助之後，與威斯克一起逃出浣熊市。整個事件公開後，美國政府頒佈了一條法令，無限期禁止安布雷拉的一切商業活動，導致安布雷拉最終破產。
1o月中旬
美國中央情報局和里昂取得連繫，以雪莉與里昂的性命作要脅，迫使里昂接受了情報局所交付的秘密任務。里昂暫時待在cia工作並進行調查，但是cia是否有其它目的並不明朗。此後不久里昂參加了特種部隊的訓練。
11月22日
賓賽德將“T病毒”散播到席那島的街道上，並且偽裝成生意外事故。
12月12日（生化危機代號維羅妮卡遊戲劇情）
為了尋找克里斯而侵入安布雷拉巴黎研究所的克萊爾遭到逮捕並送往位於南太平洋的洛克福特島Rockfort軍事訓練所監禁。
12月27日
謎之組織h.c.F得知阿萊克茜亞·亞希福特和維羅尼卡病毒出現在洛克福德島，命令阿爾伯特·威斯克率領特殊部隊前往奪取。威斯克在轟炸過程中造成病毒洩漏。克萊爾藉機逃出監獄，並與年輕犯人斯蒂夫（steve）相遇。阿爾弗雷德·亞希福特與其生激戰並啟用了洛克福德島的自毀系統。克萊爾和斯蒂夫搭乘飛機逃離裡洛克福德島，然而阿爾弗雷德操縱飛機飛往南極基地。兩人在南極基地射傷了阿爾弗雷德，垂死之際，阿爾弗雷德喚醒了沉睡的阿萊克茜亞後死亡。克里斯收到里昂的資訊後為救克萊爾也前往洛克福德島，卻遇到了本以為早已死亡的威斯克。
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