7月9日，警方封鎖部分森林，並考慮派遣特別對策部隊s.T.a.R.s.進入山區。
7月中旬，實驗體銷燬工廠已無法處理數量巨大的屍體，工人們因此被迫暴露在病毒之下工作，部分員工開始呈現被感染症狀。同時，安布雷拉公共衛生部常務理事接到總部特別委員會的災害傳真，委員會認為浣熊地區病毒洩露事故可能已經無法控制，該委員會決定嚴守秘密實驗，並防止s.T.a.R.s.布拉瓦小組和州警介入。
7月22日，合眾國海軍特種部隊少尉比利·科恩（Bi11ynet）因被指控在一次非洲執行任務過程中槍殺23人，而被軍事法庭判處死刑，經由阿克雷山區押送至1exson基地執行。數小時後，押送車輛在阿克雷山區遭受不明怪物攻擊，押送人員死亡，比利下落不明。為了避免機密外洩，因此安布雷拉隱藏了情報，企圖私下解決此一事件。同時為了進行B.o.（生化兵器）的實戰能力測驗，便透過安布雷拉幹部威斯卡的安排，引誘s.T.a.R.s.部隊進入災害地區。
7月23日，馬庫斯博士的復仇計劃開始。
當日2o點，他指揮水蛭襲擊了安布雷拉途經阿克雷山區的列車。
2小時後（生化危機o遊戲劇情），浣熊市警局特殊部隊s.T.a.R.s.的布拉瓦小隊，乘坐直升機出動前往阿克雷山區進行調查。由於動機不明故障，布拉瓦小隊（bravo）的直升機在森林裡緊急著6。他們現了一輛嚴重損毀的監獄護送車以及被殘忍肢解的海軍看守的屍體。恩裡克·馬里尼（enrineti），bravo小隊的隊長，命令進行搜尋比利·柯恩。
bravo小隊的新成員，瑞貝卡·查姆柏斯，現了一輛停在森林裡的火車並進去調查。火車很顯然遭遇過某種事故，乘客無一生還。一個被判定死亡的乘客復活過來攻擊瑞貝卡，危難關頭囚犯比利·柯恩出現幫了貝瑞卡一把，救了她的命，雖然貝瑞卡對比利心存懷疑，但是為了生存兩人決定一起打怪，互相幫助。
之後火車因不明原因突然啟動，度出安全極限，火車側翻，二人逃出火車殘骸，來到了安布雷拉的幹部養成所。
阿爾伯特·威斯克和威廉·博肯獲悉了事態的展。他們前去欲恢復設施，但是計劃因怪物的襲擊而宣告失敗。在監視比利和瑞貝卡進展的同時，他們開始意識到是有人肆意破壞安布雷拉，於是決定炸燬養成所。
瑞貝卡和比利一路打怪升級，最終見到了復活的馬庫斯。馬庫斯向他們講述了1o年前他如何被暗殺的驚人故事。在多年的水蛭研究之後，他剛成功地複製出了t-病毒，奧斯威爾·e·斯賓塞的兩名僱員，阿爾伯特·威斯克和威廉·博肯，就暗殺了他並竊取了他的研究成果。進化了的水蛭附在了馬庫斯的屍體上，馬庫斯的dna被水蛭所吸收，最終他的複製品誕生。
新生的馬庫斯將T-病毒散播在浣熊市森林，以尋求對安布雷拉乃至整個世界的報復，大規模的生化危機由此爆。當設施的爆炸裝置開始倒計時，馬庫斯的複製體變成了水蛭女王。最終，比例和瑞貝卡成功戰勝水蛭女王，幹部養成所炸燬，比例和瑞貝卡逃出，因此事件，瑞貝卡放過比利，在報告中寫下比利已經死亡，而瑞貝卡接著前往洋館中進行調查，生化危機o遊戲劇情結束。
7月24日（生化危機1遊戲劇情），s.T.a.R.s.的布拉瓦小隊失去聯絡已達24小時，威斯克以支援布拉瓦小隊為由，率領阿爾法小隊（a1pha）進入阿克雷山區。
阿爾法小隊在郊區的森林遭受到喪屍犬的攻擊，一位隊員被殺，生還的隊員則逃進郊區的一所別墅（“洋館”）中，在洋館中眾人遇上一群被T病毒感染的喪屍。這些喪屍以活人為食物並襲擊隊員吉爾·瓦倫蒂安及克里斯·雷德菲爾德，在一邊逃生一邊找尋對外聯絡的方法時，他們現到一切都是由大型跨國製藥企業安布雷拉公司（umbre11a）洩漏的T病毒所引起的。
吉爾（生化1女主角）、克里斯（生化1男主角）、威斯克。
s.T.a.R.s小組受命前往調查洋館，實際上是小隊隊長阿爾伯特·威斯克（a1bertesker）利用這次行動來消滅自己小組的成員，獲取生化兵器的戰鬥資料，當克里斯和吉爾消滅掉生化兵器T-oo2暴君後，整個洋館被威斯克安裝的炸彈炸燬，沒留下任何線索。二人最終也得知威斯克是間諜的事實，克里斯向浣熊鎮警察局做出報告，但是沒有證據，不得不做罷，並動身前往安布雷拉公司巴黎研究所尋找證據，而吉爾則脫離s.T.a.R.s.小隊後，留在浣熊市做進一步調查，生化危機1劇情結束。
9月29日（生化危機2劇情）
安布雷拉公司高階研究員威廉·柏金在研究g病毒成功之際，與美國政府聯絡密切，公司高層懷疑威廉會把g病毒賣給美國政府，於是派出特種部隊前往搶奪。威廉被襲擊，身中數槍，臨死前將g病毒注入自己體內，變成了被感染的怪物。
新人警官里昂·斯科特·肯尼迪（Leonsnetedy）來到浣熊市市警察局上任。但是在進入市區以後卻遭遇了被T病毒感染的喪屍。同一時刻，s.T.a.R.s.隊員克里斯的妹妹克萊爾·雷德菲爾德（c1aireRedfie1d），為了尋找失去音訊的哥哥也來到了浣熊市，並且也遭遇了喪屍，正是因此兩人陰錯陽差的相遇了。相遇後兩人計劃結伴去警察局（s.T.a.R.s.小隊的辦公室位於警察局2樓），但在路途中卻遭遇了車禍，兩人被爆炸的油罐車所引燃的大火分開。兩人於是約定各自找到去警察局的路，然後在那裡碰頭，於是遊戲的雙劇情線由此展開。
在探索警察局時，里昂在停車場遇到了艾達·王（adaong），兩人結伴而行。同時，克萊爾救了一個名叫雪莉·柏金（sherryBirkin）的小女孩，她從自己父親威廉那裡攜帶了g病毒的病毒樣本，並被某人追擊。
里昂現有一條下水道連線著警察局和安布雷拉的研究所，他還沒有意識到，一個強大的怪物將會阻礙他的逃生之路。在研究設所裡，克萊爾偶遇安妮特（annette），一個安布雷拉的研究員，也是雪莉的母親。她向克萊爾詳細說明了浣熊市爆災難的起因；下水道里的那個名叫“g”的怪物實際上是她的丈夫威廉。
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