永寧元年（1617年）七月十七日，秀保正室（菊御臺）誕下秀保七子，後取名豐臣秀孝，封北大和（新莊）、河內部分共計三十二萬石，世稱“新莊藩”。不久，後陽成天皇崩御，秀保力主原秀吉養子、後陽成天皇之弟八條宮智仁親王為天皇，因崩御後追號後花山院，故後世多稱為後花山天皇。
面對基督教的蔓延，秀保決定進一步貫徹豐臣秀吉時代的《伴天連追放令》，驅逐外國傳教士出境並且將傳教與南蠻貿易嚴厲區分開來，對信仰基督教的大名進行諸多限制，希望他們放棄基督教信仰。
同時，從明國邀請高僧渡海傳播佛法，進一步加強神佛習合力度，用以抗衡和削弱基督教在日本的影響。
次年三月，為加強中央集權，避免地方豪強做大，化解歷代幕府後期都會出現的不穩定因素，進一步維護統治，幕府頒佈《一城一國令》，各地大名基本執行後，幕府於永寧四年（162o年）又頒佈《推恩令》，史稱“永寧雙令”。
《一城一國令》要求除幕府特准外，在一國（指令制國或大名的藩）中，大名主城或居城只能保留一個，其餘的城必須全部廢除。但是，當大名領有多個令制國時，領有的各令制國各准予保留一城，如毛利秀元坐擁安藝、備後兩國，故除了主城廣島城外，備後福山城也准予保留。
《推恩令》則規定大名去世後，除嫡長子繼承家督外，其他嫡、庶子嗣也可分得所藩一部分土地成為支藩，大名可對此進行申訴，由幕府最終定奪（事實上只有少數譜代獲准除外），支藩按照《一城一國令》要求另覓平原處建設居城，所需費用由主藩和支藩自行支出。後續藩政困難且主藩難以支援時，可向幕府申請上交封地進而獲得優渥的待遇。
“永寧雙令”的頒佈讓安定許久的天下再起波瀾，讓秀保沒想到的是，最先反對的竟是自己的親家、山形藩主最上義康，他的兄弟最上義親、清水義清、山野邊義忠在最上義光病逝後就一直覬覦從他龐大的遺產中分一杯羹，幕府的這個政策，更是給了他們可乘之機。
雖說最上義光在《推恩令》頒佈六年前去世，但幕府規定，開幕（即慶長八年）以後繼任藩主的兄弟都可援引《推恩令》對早先繼承情況提出申訴，由幕府決定是否適用。
最上氏內部這麼大的騷動，幕府顯然不會坐視不管，專門派遣使者赴出羽調查調和。
此時，仙台藩主伊達政宗也因子嗣眾多，恐去世後家中生變，表態反對《推恩令》。此外，佐土原藩主島津忠恆也號召數家大名聯合抵制，史稱“庚申之亂”或“推恩之亂”。
秀保其實在《一城一國令》頒佈時就對此早有準備，他一方面調動軍隊積極備戰，威懾不軌大名，另一方面利誘大名家中的支持者（如庶子和兄弟等），從內部分化反對勢力。
十月二十八日，最上義康三弟清水義清於米澤城起兵，作為先鋒攻打山形城，蒲生秀行、上杉景勝屯兵山形藩邊界；伊達政宗庶子派遣忍者於當夜刺殺伊達政宗於仙台，伊達家陷入混亂。
十一月三日，最上義親作為內應開啟城門，最上義康投降。檢地後，最上氏石高達七十八萬。
幕府商議決定，勒令最上義康退隱，以義康嫡子最上義興（秀保的女婿）為家督，繼承山形、最上兩郡三十三萬石，仍稱山形藩；
最上義親繼承田川郡九萬五千石，稱莊內藩；
清水義清繼承置賜郡十八萬石，稱米澤藩；
四弟山野邊義忠繼承飽海、雄勝兩郡八萬石，稱巖崎藩；
另有由利郡五萬四千石納入御領。
兩天後，面對幕府軍的威懾，伊達氏家臣開啟仙台城門，迎接蒲生、宇都宮軍進城。
秀保將仙台廢城，所領六十五萬石分成六份，由幕府和伊達政宗五子瓜分。
嫡子伊達忠宗為名義上的家督，繼承磐井、慄原二郡共計十五萬石，稱平泉藩；
庶長子伊達秀宗（親近豐臣氏）繼承宮城、名取、柴田、亙理四郡十四萬石，稱巖切藩；
四子伊達宗泰繼承加美、黑川、玉造十一萬五千石，稱巖出山藩；
五子伊達宗綱繼承登米、遠田、志田三郡八萬六千石，稱佐沼藩；
六子伊達宗信繼承刈田、伊具、宇多三郡五萬六千石，稱白石藩；
膽澤、江刺、氣仙、本吉、桃生、牡鹿六郡十四萬石被幕府納入御領。
十一月二十日，島津義弘召開評定，廢黜忠恆家督之位，開城迎接幕府軍，秀保將佐土原藩肢解為三家，“庚申之亂”平息。
歷史上將“永寧雙令”看作是繼“大坂之陣”後，幕府對外樣大名的再次削弱，至此，天下再無大名敢對幕府的權威表示懷疑或是挑戰。
對於參與平息叛亂的大名，秀保則向他們頒佈了《推恩另行狀》，准予他們暫緩推恩一段時間，有充分時間提前消除推恩的不穩定因素，同時秀保也口頭承諾推恩時幕府會偏向主藩，以緩和與強藩之間的矛盾。
永寧五年（1621年）二月，前往和歌山覲見秀賴後不久，水戶藩主石田三成便一病不起，縱然有名醫診治，卻已是藥石無醫。
這位豐臣氏的重臣不顧病重之軀，執意前往伏見覲見秀保。
面對這位輔佐豐臣氏四十餘年的老臣，秀保既感到悲傷又感到欣慰和欽佩，悲傷的是，即便大限將至，他還在為秀賴奔波；欣慰的是，比之原來的歷史，他多活了二十餘年，也算是以一方大名的身份安度晚年；欽佩的是，如今福島、加藤、蜂須賀、淺野等秀吉舊臣都已向秀保臣服的情況下，他還是毫無保留地效忠秀賴，這種忠誠實屬難得。
“請務必扶持右府成為關白！”石田三成氣若游絲，費力地用手支撐著身子，眼巴巴地望著秀保。
“彈正（前年升任從四位下彈正大弼）請放心，當初答應太閣和澱夫人的，我會做到的”。秀保鄭重地點了點頭道。
兩天後，石田三成病逝於大坂屋敷，魂歸大坂，也算是得償所願。加之兩年前增田長盛病逝，秀吉時代的五奉行全部離世，歷史的車輪就這般無情地滾動著。
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