浩浩蕩蕩的珠江水日夜奔流著，滋潤著這四季常青的土地，給這片土地的人們帶來了無限好處，也帶來過災難。端平元年，也就是宋慈到廣州的前五年，珠江發過一場罕見的大水。這場大水從上游的西江、北江、東江，三江之上浩浩蕩蕩向廣州湧來，沿江兩岸，房倒屋坍，百姓遭滅頂之災者不計其數。廣州位於珠江三角洲的頂點，正處於三江之水的匯合處，洪水一來，加上臺風襲擊，海水內灌，沖毀城池，就連廣州也成為澤國。
東莞縣位於廣州東南方向，發大水那年，當東江之水洶湧而來時，頃刻間濁浪排空，阿香與父老鄉親都被捲進了洪流……阿香醒來的時候，正躺在一棵老榕樹粗大的枝丫上，身上蓋著一個男子的衫兒，面前有個裸著上身的青年男子。這男子她認得，是本城一個落第秀才。她甚至知道他雙姓司馬，單名鼎，而她是個糊裱匠的女兒，曾替他裱過字畫。司馬鼎見她醒來，先是一笑，繼而又別轉臉去。阿香姑娘想要揪去蓋在身上的男子衫兒，但剛一抬手，她又不由自主地將那衫兒蓋得更緊。
廣東氣候暖熱，春夏之交，姑娘原本只穿一件薄薄的衫子，被大水一衝，衣裙早破得不成樣兒，哪裡還遮得住青春勃發的身體呢？一霎時，阿香忘記了自己的處境，臉紅耳熱。然而此刻羞也無用，怕也無用。四下裡都是一片汪洋，濁流就在距著不到一尺的地方，風仍呼呼地颳著，水面上還不時漂過陌生的屍體。不用多想，阿香明白是因了這個陌生男子，自己現在還活著。可是父母沒有了，兄弟沒有了，飢餓、寒冷、驚駭、悲傷，一齊向她襲來，阿香姑娘嗚嗚地哭了。
司馬鼎默默地向樹的上端攀去，他開始像鳥兒壘巢似的，折取樹枝，在一個最適合建“巢”的地方，建起一個大“巢”，對阿香說道：“姑娘，你到這兒來吧！”
司馬鼎說罷，自己又建另一個巢去了。也許是為司馬鼎的沉著和鎮定所感染，人在非常時期的求生本能與適應力往往也是非常的，阿香不哭了，並且穿起司馬鼎的衫兒，果真順從地攀到那個為她建的巢前，爬了進去，看看那巢竟還能躺，畢竟比樹丫上舒適許多、安全許多。
夜幕漸漸降下，寒氣更重了。朦朧中，有一具屍首向大樹漂來，是具中年女屍。司馬鼎又向下攀去，截住那屍，什麼也不顧地將那女屍衣裙都剝了下來，然後放其裸著隨波流去。
衣裙尚好。真可謂“中河失船，一壺千金”，此時此地能得這樣一套衣裙也是千金不換的。司馬鼎重又往上攀來，將那衣裙扔給了阿香，而後背過身去。阿香接過衣裙，禁不住打了個寒戰，但也顧不得那是剛從死人身上剝下來的了，迅速地換上衣裙，又將司馬鼎的衫兒放在巢邊，說道：“這，你拿去吧！”
司馬鼎提起自己的衫兒，套上身，又建他的巢去了。
天完全暗了下來，腳下只有喧囂的水聲，也不知什麼時候，他們望見水天連線處有一個紅點兒，那是火光，那火光會移動，像是船。他們大呼，先是你呼罷她呼，她呼罷你呼，而後是合作一處呼：“喂——喂——這兒有人啊——”他們呼喊得身上都出了汗，聲音也啞了，但那紅點兒反而漸漸不見了，眼前又是冰涼的黑暗。
天又下雨，雷聲隆隆，雨點敲著樹葉響個不停，閃電耀出慘白的光，不時照見雨腳如麻的水面打著旋兒，水像是又上漲了，阿香姑娘的心彷彿又墜進冰涼的海底……在這個可怕的、漫長的暗夜中，如果沒有這個好心而淳厚的男子，如果不是這個男子就在離她不遠的地方，她不知怎樣才熬得到天亮。
雨終於停了，東方漸漸露出熹微的晨光，水天籠罩在一片濃重的霧靄之中，黎明到來了。
水又漲到了離他們建巢處僅有一尺的地方，天空仍是陰的，沒有太陽，但白天畢竟使他們的心裡充滿希望。身上的衫兒漸漸被風吹乾，水面上什麼船隻也沒有發現。偶爾有幾隻水鳥飛來，在樹上歇了歇腳，又淒涼地啼叫著飛走了。
一天一夜沒吃任何東西，飢腸轆轆，他們必須喝水。雖然蹲在最接近水面的樹丫上，彎下身去，便能夠到水面，但為著不掉進水裡，他們還得互相拉著手兒，輪著喝。儘管手的接觸又使她心跳臉紅，可是沒有辦法，命運把他們安排在這樣一棵樹上，要活下去，豈止是喝水，一切都是無法迴避的。
整整一天，在盼望中過去了，沒有船。又一個黑夜降臨了，沒有雨，水開始退了些，但風仍不停地吹。這晚，司馬鼎對她說：“你放心睡吧！”
她果真睡了。是飢餓，是疲倦，她蓋著他為她摘來的許多樹葉，直睡到大半夜，她忽然“啊——啊——”地連聲尖叫起來，一群螞蟻爬進了她睡覺的地方，鑽進她的衫裙，爬滿她的身子，咬得她全身發抖，無處躲藏。此時，司馬鼎在他自己的那個巢中歇著，聞聲連忙摸索著過來，問道：“什麼事？什麼事？”
“啊——啊——”她喘著大氣，說不出話，叫聲聽了令人毛骨悚然。司馬鼎摸到她的身邊，她已從巢中爬滾出來，一失足，險些兒落下水去，司馬鼎一把拽住她，只這一拽就有幾隻螞蟻爬到司馬鼎的手上。咬得他疼出冷汗，他明白了，這是一種南方大蟻，它們群起而上，可以在很短的時間將一頭活活的老蛇咬食得只剩下一堆骨骸。司馬鼎一邊扶她逃得遠些，一邊果決地對她叫道：“快把裙衫脫掉，脫掉！”
分不清是她自己動手，還是他幫著她，在黑暗之中，她的衫裙一瞬時就脫光了……正是從這天夜裡起，她認定，司馬鼎就是她現在唯一的親人。
又一個黎明到來了，曙色為他們照見了生的希望——他們看到，水已經落下約有一尺。可她病了，全身發燙，唇兒乾裂，喉中痛如火灼，她喝著他為她取來的水，那是用他的破衫兒伸進已經落下去的水裡，吸飽了水，再擰出來給她喝的。
終於有萬千縷陽光從空中穿射出來，透過顫動的樹葉，照在他們身上，給他們帶來了彷彿已隔絕了幾千年的溫暖。天要晴了，可是又一天過去，除了仍是一些水鳥飛來了又飛去，沒見船兒。
這一個夜晚，她是在他的懷裡度過的，她感覺到，他的身上也在發抖，他們緊緊地相抱著。天又亮了，又是晴天，水又退了些，但仍不能下樹，也不知過了多久，她忽然聽到他驚喜無比的話音：“船！船！……”
驚喜之中，她舉目四望，可是水天連處蒼茫一片，什麼船也沒有。她知道，他也病了，那是他的幻覺。
他們互相照拂，但都倒下了，飢餓、寒冷、疲倦、疾病，彷彿已結出一個死亡之網，將他們罩在其中……然而終於有船來了，真正的船，是一艘販運莞香的大船，就是這條大船將他們救了上去。船上有個莞香鉅商，姓郗名淦，聞知司馬鼎原是個小有名氣的落第秀才，又決定聘他到府上去做他愛子的私塾先生。
災難終於過去了，活下來的人們開始重建家園。司馬鼎開始做起了商人之子的私塾先生，阿香也從此與馬司鼎一起過日子了。
司馬鼎待人和氣，教書卻挺嚴厲。那商人的孩童頑劣得出奇，在此之前，已有好幾位先生被他氣走了。馬司鼎為報被救之恩，耐著性子認真課之；不料，有一日，那頑童卻將糞便屙在先生的座位上。馬司鼎氣不過，便用戒尺狠責了他。這下可了不得，那商人之妻與老爺吵鬧起來，非得辭了先生不行。晚間，那頑童又悄悄地摸進先生下榻處，用一石塊把先生的頭敲了一個窟窿，血流如注……於是，司馬鼎也和先前的幾位先生一樣，再待不住，離開了商人之家。就在這日，那頑童也失蹤了。
兩日後，漁人在下游網到一個孩童之屍，正是那頑童。商人之妻於是懷疑司馬鼎將其小兒殺害後，拋屍入河，告到官府，司馬鼎被拿了去。公堂審訊，屈打成招，司馬鼎被判了殺頭之罪。
阿香在家，哭得死去活來，而只要一想到遭洪患的那些日夜，司馬鼎對她的照顧，她怎麼也不信司馬鼎會殺人。她不顧一切，屢到官府鳴冤，而後不知怎的，又被以“有同謀之嫌”捕捉入獄，解到這廣州來了。司馬鼎被斬首之後，阿香絕望了，也欲了卻此生，但就在這時，肚痛不絕，臨盆早產，嬰兒的哭聲把母親從末路上喚了回來，終於，她捨不得棄兒子而死，活到了今日……
訊房裡油燈跳動著紅紅的火焰，只有女囚傷心的低泣之聲。當她把話都吐訴出來後，再也抑制不住，放聲痛哭。沒有誰去勸她，獄婆子也不響了。
宋慈沉吟片刻，問道：“你可有什麼證據，能證明你丈夫不是兇手？”
女囚無力地搖了搖頭：“民女只是信他不會殺人。”
宋慈沒有再問什麼，就讓獄婆子送她回牢。獄婆子領女囚走後，宋慈忽又對童宮說：“你去，把那患病的男孩領回府。”
踏著冰涼的石階，宋慈一行離開了牢城。也許是女囚的那番經歷給宋慈留下了深刻印象，也許是因為這女囚還有一個在獄中出生的小男孩，現在宋慈頭腦中所想的就是這個女囚的案子。如果說對於別的案子，他一時還理不出十分清晰的頭緒，但對這女囚所述之案，宋慈覺到可望透過檢驗較快斷出答案。
回到府內，宋夫人見到這個年方三歲的小男孩，不只是驚訝，也立刻動了憐憫之心。
“秋娟，去取熱水來。”
宋夫人叫道，已自挽起袖兒，取出浴盆，秋娟很快取來熱水，她們一齊動手，十分小心地幫助那身上長著牢瘡的小男孩洗了個痛快的澡。
洗罷，府裡的廚娘找來了一套孩兒的衣衫讓他換上，這小男孩就變了個模樣。面容雖瘦，五官卻秀，一雙大眼睛水靈靈的。宋夫人又吩咐給孩子取來吃的，由秋娟喂著，看他狼吞虎嚥地吃了個飽。
從出孃胎起，就沒有洗過這樣舒服的澡，沒有穿過這樣柔軟的衣裳，沒有吃過這樣可口的甜點，更沒有睡過這樣舒適的軟榻，望著那也是從未見過的大紅紗燈，這個還沒有名字的小男孩很快迷迷糊糊地進入了從未有過的夢鄉。
宋慈又細細囑咐侍女婷兒，這男孩若醒來該如何給他服藥，這才同夫人一道回到自己的臥房。宋慈在榻前坐下，覺得有些累了，但還沒有睡意。夫人走來為他寬衣。
“老爺，你該歇息了。”
宋慈伸開雙手，讓夫人替他寬衣，同時說道：“我要到廣東各地去走走。”夫人停下手來，盯著他：“你剛從福建遠道而來呢！”
宋慈觸了觸夫人停住不動的手，又說：“這麼多疑積案，究其原因，不外有二：一是翫忽職守拖成，二是官場舞弊造成。如今要審，必有阻力重重，如果不親赴各地，是極難審清的。”
夫人默不作聲。
“再說，你也知道，如今各地的審案官員，不乏毫無檢驗知識之輩，若差之毫釐，則謬之千里，而執掌生殺大權者，卻是我這個堂堂的提刑大人，如果錯殺無辜，何慰冤魂呢！”
夫人嘆了一口氣，她還能說什麼呢？幾十年過來了，她還不知道他嗎，還能拉得住他嗎？夫人替他脫下外裳，安置他睡下，自己也在他身旁躺下。
“老爺，”隔了一會兒，夫人想起什麼，又說，“這都是陳年積案，可供檢驗之屍早已腐爛，你下去還驗什麼呢？”
宋慈扭過頭來，看著夫人，心想，這不是明擺著的事兒嗎？他答道：“那就驗骨吧！”