上游明軍在武昌集結，向九江、南昌等地起進攻。原本九江和南昌城內的清軍守軍就已經不多了，只有地方綠營和民壯，都不算正規軍。瓊州軍勢如破竹，所到之處，各縣城的縣令不是出來投降的，就是抵抗被殺。
現在的瓊州軍攻打一座小縣城根本就不在話下，架起大炮一轟，城門就破了，城牆垛口被轟得七零八落。城內守軍本來就沒多少，明軍用火槍手和神箭手結陣，在城下壓制，隨後派遣炮灰蟻附攻城，轉眼之間即可拿下。碰上不肯主動開城出來投降的縣令，抓住之後都是當即斬殺。
明軍攻到了九江城下，九江知府開城投降，明軍兵不血刃攻克了九江。
攻打南昌的時候，卻遭遇了清軍頑強的抵抗。漢八旗出身的江西巡撫董衛國，江西布政使司佟國禎，南昌守將滿洲都統根特，綠營總兵趙登舉、吳友明，綠營副將許盛、楊以松等人，組織了頑強抵抗。城內有滿蒙八旗五百餘人，漢八旗一千餘人，綠營兵五千餘人，另外董衛國還招募了民壯兩萬餘人，企圖憑藉南昌城堅固的城防頑抗到底。
圍攻南昌的明軍達到了十二萬大軍，有瓊州軍戰兵一萬，收編的粵軍戰兵兩萬，閩軍戰兵兩萬，水師兩萬，輔兵民壯五萬。
自從耿精忠歸順了大明之後，他就成為了閩軍主帥，曾養性、馬九玉、白顯忠等一批原閩軍將領也都歸了耿精忠管轄，加上耿精忠從南京帶來的將領徐文耀、王世瑜等部件，閩軍這時候也算是一支實力不弱的軍隊。
由於王新宇有意培養閩軍實力，用來壓制粵軍，所以耿精忠的兵力過了粵軍。粵軍自己內部，又有尚之信和尚之孝的內鬥。
而以耿仲格為的一批人，原本是想要王位。可是現在耿精忠來了，耿仲格見到自己要王位已經沒有希望了，乾脆就帶著本部人馬脫離了閩軍，直接加入瓊州軍。
攻打南昌，王新宇都沒有自己帶兵了，只是讓部將王[輔]臣和弟弟王子豪帶兵，由姚啟聖當軍師，率領大軍抵達南昌城下。而王新宇自己卻和本部軍師王餘佑坐鎮武昌城，負責收集糧草，準備軍餉，為即將到來的襄陽和安慶等大戰做準備。
南昌城下，炮聲隆隆，明軍開始了攻城戰。
城內的守將董衛國和佟國禎拒絕了明軍的勸降，在明軍給出三個時辰的最後通牒時間到之後，明軍就開始攻城戰。
瓊州軍集中了一百多門大炮，對著城頭一陣猛烈轟擊。之後粵軍和閩軍爭先恐後的向城牆起進攻。輔兵推著盾車抵達城下，填埋護城河。
不過南昌城的護城河是依託東湖和贛江修建的，護城河引了贛江和東湖水灌入，該護城河寬度達到了十一丈，水深為一丈五尺。儘管比不上襄陽和北京的護城河，不過南昌護城河也算比較寬比較深，而且是活水，填平的難度比較大。
南昌城也算是相當堅固的一座城池，南昌城牆號稱章江堤，高一丈五尺，是用石頭堆積而成的，使用桐油、石灰和糯米粘合而成，城牆十分堅固，用大炮都很難轟塌。城頭的垛口是用柴燒石磚構築，十二磅以下的野戰炮轟上去，垛口都很難炸開。各城門內有甕城，城門裡面設有千斤閘。
城頭上，鳥銃、弓箭、虎蹲炮、佛郎機彈如雨下，箭矢如蝗。董衛國和佟國禎還讓城內百姓打造了不少七稍炮投石機，在城內拋射出大量的石頭，可以越過城牆，砸在城外。
大批輔兵倒在城下，護城河卻只填了一點點，好容易投下的沙袋，又被清軍開啟水閘，放水沖走。明軍攻勢為之一滯，被阻攔在城下。
姚啟聖現，清軍依靠連線東湖的水閘，給護城河提供水，而且隨時可以開閘放水。於是姚啟聖下令，派遣一萬水師，一千騎兵和三千火槍手，去奪取水閘。
明軍6師官兵登上船，渡過東湖，去攻打水閘。
率先動攻擊的是明軍水師的大口徑艦炮，各種車船、內河炮艦、小型炮艦噴出火光，射出鋪天蓋地的炮彈。
明軍水師艦炮炮彈下冰雹一樣落下，把駐守水閘的清軍轟得七零八落。接著三千瓊州軍火槍手跳下船，向水閘方向起攻擊。尚未靠近清軍的時候，一百散兵率先自由射擊，利用線膛槍射程遠的優勢，把清軍打得不敢冒頭。三千火槍手抵近之後，排隊齊射，只不過兩輪齊射，就把駐守水閘的清軍完全打得蒙了頭。
隨後一千騎兵衝擊了一陣，兩座東湖水閘就落入明軍手中。
南昌西南面和西北面，還有連線贛江兩座水閘。瓊州軍依靠水師和步兵登6戰的辦法，連續攻克了兩座水閘。
四座水閘全部落入明軍手中，南昌護城河的水就變成死水，這樣輔兵填埋護城河的進度就加快了許多。在城下明軍猛烈的火力掩護下，輔兵抵近護城河邊，投下大量沙袋。經過了三天三夜的填埋工作，終於填出了三段護城河。
在填埋護城河的同時，姚啟聖還下令，在南昌城外堆土修建炮臺。
經過了七天七夜夜的連續作業，南昌永和門和德勝門外，明軍修建起兩座高兩丈，長百丈，寬五丈的炮臺。在高過城牆的炮臺上面架設加農炮，直接對準城頭猛烈炮擊。在炮臺的反斜面上，佈置了六十四磅和三十二磅臼炮，不斷射開花炮彈。
有了兩座高過城頭的炮臺，明軍在炮臺上面架炮，就能對城內的動靜一目瞭然，砸下去的炮彈又狠又準，打得守城清軍死傷慘重。
姚啟聖還下令，派遣熱氣球進入南昌城內上空。
使用了徐正明螺旋槳的熱氣球，由明軍士卒腳踩踏板，驅動螺旋槳，再配合上舵，熱氣球可以在空中自由飛行。儘管度不快，但至少可以隨意到達任何一個地方，只要不是颳大風的話，熱氣球就能使用。
熱氣球進入南昌城上空，明軍投下了火油罐和火藥，把躲在城牆後面躲避炮擊的清軍燒得鬼哭狼嚎。同時熱氣球還投下了炸彈，摧毀了城內的七稍炮投石機。
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