姚啟聖除了讓熱氣球去投擲火油，火藥和炸彈之外，還派遣了一批散兵登上熱氣球，進入南昌城內上空，居高臨下用線膛槍射擊清軍，專門挑那些盔甲鮮明的軍官射殺，把清軍軍官打得都不敢露頭。
在明軍多重打擊手段之下，城內清軍損失慘重，各種守城器械損失慘重。這還不是最致命的，最致命的在於，清軍計程車氣受到沉重打擊，民壯都紛紛脫下號衣逃回家裡；綠營兵拒絕上陣，連八旗兵都不敢冒頭。
任憑董衛國，佟國禎，根特等人組織自己的戈什哈，揮刀砍下了不少人頭，還是無法彈壓得住。士氣崩潰的清兵，就像是水中的皮球一樣，董衛國等人帶著戈什哈，壓住了這個，壓不住那個。
接下來的事情就簡單了，明軍起了大規模進攻的時候，士氣低落的清軍難以抵擋。
姚啟聖採取了多管齊下的辦法，讓粵軍和閩軍扛著簡易雲梯，起蟻附攻城，後面跟上巢車，在兩丈高的巢車上架起子母炮，對準城頭炮擊，壓制守軍火力；天空中有氣球，用來摧毀清軍的火炮；解除了清軍火炮的威脅之後，明軍把大批兩丈高的望樓頂了上來，望樓上面站著散兵，用線膛槍居高臨下射擊。城牆下面，一隊隊火槍手推進上前，不斷向城頭射出密集的子彈。
在多重火力掩護下，士氣高昂的粵軍和閩軍透過簡易雲梯，登上了城頭，同城頭的清軍展開了激烈的肉搏戰。
與此同時，瓊州軍自己的精銳鐵甲兵搭乘十輛大型雲梯車登城。輔兵推著雲梯車，冒著不斷射來的火箭，靠近了城牆。在雲梯車被投下的火油罐和射來的火箭燒燬之前，已經有兩百多鐵甲兵和一百餘名精銳輕甲肉搏兵登上城頭。
登城的鐵甲兵人數雖少，可是刀槍不入。輕甲精銳肉搏兵則是由蔡九儀等一批高手訓練出來的，本身武功高強，又是結陣而戰，加上手雷和短銃，在鐵甲兵配合下，把城頭的清軍打得潰不成軍。
佔據了城頭一塊地盤之後，更多的瓊州軍戰兵扛著簡易雲梯，在城頭鐵甲兵和輕甲戰兵的掩護下，爬上城頭。肉搏兵先上去之後，火槍手也跟著登上城頭。
守城清軍被姚啟聖的組合拳打得暈頭轉向，明軍很快就控制住了城樓，並消滅了駐守在甕城上面的清兵，隨後開啟了城門。
滿洲都統根特帶著八旗兵負隅頑抗，結果王[輔]臣的騎兵衝入城內，根特遇上王[輔]臣，兩人交手不過三個回合，就被王[輔]臣一槍刺死在馬下。
綠營總兵趙登舉撞上了攻入城內的蔡德忠，趙登舉的親兵被精銳的輕甲戰兵一通短銃打得七零八落。蔡德忠殺到跟前，手起刀落，一刀砍下了趙登舉的人頭。
吳友明被明軍包圍，見到突不出去，吳友明投降。
綠營副將許盛被一群火槍手打成了馬蜂窩，另外一名副將楊以松投降。
見大勢已去，董衛國先帶人燒燬了倉庫，隨後回到府內，拔劍殺死了妻兒和小妾之後，自己服毒自盡。但是佟國禎可不想死，他化裝成平民，混入百姓之中，東躲西藏了幾日之後，等到明軍主力撤離南昌，佟國禎這才逃出南昌，輾轉逃去了江北。
畢竟佟姓是愛新覺羅的聯姻姓氏，深得滿清皇家的寵愛，所以佟國禎不怕失土之罪，他逃回去，最多隻是被撤職，過一段時間就能官復原職。可是董衛國就不一樣了，他不敢跑，又不敢投降，於是選擇了自殺。
前後經過了十多天的攻城戰，明軍收復了南昌城。
從武昌出的明軍攻克了九江和南昌的同時，投誠迴歸了大明的耿精忠，則帶著由漢八旗改編成的閩軍，在南洋海軍6戰隊的配合下，收復了南京附近的城池，之後橫掃浙江全境。因為江南殘餘的清軍已經無心抵抗，明軍一到，清軍紛紛改旗易幟。各府城縣城的當地綠營搖身一變，變成了明軍。各地方官脫下了清廷的官府，剪掉辮子，換上漢服儒衫，等待明軍前來接收自己的府城縣城。
城內的清軍變成了明軍，清廷的縣老爺變成了大明的縣老爺。地方綠營兵在剪掉了自己的辮子之後，就拿著剪刀，到處給城內百姓，還有入城趕集的村民們剪辮子。
在這個年代，因為清廷統治的時間還不長，剪辮易服的工作十分順利，老百姓們都很配合的剪掉了辮子，讀書人剪掉辮子，換上漢服。
普通百姓的衣服還比較無所謂，很多人還是穿著明朝時期的短打，只要辮子一剪就好了。比較麻煩的是讀書人和士紳，有些人家裡偷偷收藏漢服的，拿出來穿上便是了。而有些人家裡沒有漢服，還要拿著布匹找人趕製衣服。
一時間，各地裁縫店生意興隆，士紳讀書人不是拿著布匹來趕製衣服，就是把身上原來穿的長袍馬褂拿去拆了改漢服。
各地官員和地方綠營紛紛改旗易幟的時候，一些原本在江南山區活動的山匪盜賊，也趁機打出了明軍的旗號。山匪盜賊們剪掉辮子，扯起了大明的旗幟，也搖身一變，變成了大明的官兵。比較老實點的，就等著明軍來接受自己。但也有一些山匪盜賊，在想著被招安之前還要撈一把，趁著亂搶劫百姓，禍害鄉里。
江南局勢一片大好，但又是一片大亂。大好是，整個長江以南，已經幾乎找不到一座還掛著清廷旗幟的縣城了；但是亂的是，那些所謂的大明官員，明軍，大部分都是烏合之眾，其中魚龍混雜，都是一群投機分子，還有不少山賊土匪，江洋大盜，通緝犯。
整個亂局還不僅在江南，漢中一帶也亂了。吳三桂的大軍同闖營的大軍都到了漢中，這兩支軍隊的先頭部隊開始打了起來。
吳三桂的先鋒將領是高得捷，此人是一員猛將，但是脾氣暴躁。闖營先鋒劉體純率軍進入漢中，同高得捷遭遇。兩支軍隊雖然都是打出明軍旗號，可是仇人相見分外眼紅，吳軍和闖軍在漢中山區丘陵中展開了第一場激戰。
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