第二階段從唐憲宗李純永貞元年至元和末年（8o5～82o），是討伐叛鎮的時期。
永貞元年（8o5）八月，唐憲宗即位，在他祖、父十多年努力之後，中央軍力和財力都有了一定基礎，他開始執行削藩政策。
元和元年（8o6），劍南西川節度使劉闢求兼領三川，因朝廷不許，就兵攻擊東川節度使治所梓州（今四川三臺）。憲宗即派高崇文統率神策軍出征，很快平定。
同年，還平定夏綏節度使楊惠琳的叛亂。次年，鎮海（又名浙西，今江蘇鎮江）節度使李錡叛變，憲宗調鄰道兵徵討，李錡被部將所殺。
這幾次平叛的勝利，使憲宗及主戰派大臣增犟了信心。
四年，成德節度使王士真死，其子承宗自為留後，憲宗以宦官吐突承璀領兵討伐，沒有取得勝利，只得暫時妥協，承認承宗繼位。
七年，魏博節度使田季安死，子從諫年幼繼位，軍中推立大將田興（後改名弘正），田興表示服從中央，遵守法令，申報戶籍，請朝廷任命管內地方官，送從諫入京。長期割據的河北三鎮中出現了一個突破口。
淮西自李希烈被部將陳仙奇所殺後，吳少誠又殺陳仙奇，仍然割據自雄，繼位的是另一個淮西大將吳少陽。
九年，吳少陽死，子吳元濟自領軍務，在對淮西鎮的處置上，朝中大臣分為主戰、主撫兩派。憲宗主戰，徵集鄰道軍隊圍攻淮西。淄青、成德兩鎮暗中支援淮西，派人焚燒河陰轉運倉，刺殺宰相武元衡，刺傷御史中丞裴度，企圖阻止朝廷進攻，但憲宗沒有動搖，以裴度為相，堅持平叛。這是藩鎮勢力和唐朝中央的一次大決戰。由於平叛軍隊中有不少將領遷延觀望，作戰不力，戰爭拖了四年。宰相裴度親臨前線督師，十二年十月，唐鄧節度使李愬雪夜襲克蔡州，擒吳元濟，取得最後勝利。
次年憲宗又兵攻淄青，十四年二月，淄青將劉悟殺節度使李師道降唐。
於是成德王承宗、盧龍劉總相繼自請離鎮入朝，朝廷另委節度使，長期割據的局面似乎都解決了。
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